什么'；在命令行（终端）上使用R脚本的最佳方式是什么？

使用R脚本从命令行进行简单绘图非常方便。但是，从bash脚本运行R一点也不方便。理想可能是这样的

#!/path/to/R
...

或

但我都没能做到

另一种选择是将脚本完全保留在R中，例如

script.R

，并使用

R--file=script.R

或类似方法调用它。但是，有时脚本将依赖于模糊的命令行开关，在该开关处代码的一部分存在于脚本之外。示例：通过一个本地.Rprofile将东西从bash潜入R，所需的开关就是

--vanilla

所暗示的一切，除了

--no init file

另一个选项是一个bash脚本来存储R标志，并且可以轻松地执行，然后调用R脚本。问题是，这意味着一个程序被分割成两个文件，现在必须保持同步，一起传输到新机器上，等等

我目前最不喜欢的选项是在bash脚本中嵌入R：

#!/bin/bash
... # usage message to catch bad input without invoking R
... # any bash pre-processing of input
... # etc
R --random-flags <<RSCRIPT
# R code goes here
RSCRIPT

#/bin/bash
... # 用于捕获错误输入而不调用R的用法消息
... # 输入的任何bash预处理
... # 等
R--随机标志以下内容适用于我在Windows上使用MSYS bash的情况-我的Linux机器上没有R，因此无法在那里尝试。您需要两个文件—第一个名为runr的文件使用文件参数执行R

# this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=$1

您需要使用chmod+x runr使此文件可执行

然后在脚本文件中：

#!runr
# some R commands
x = 1
x

注意#！runr行可能需要包含runr的完整路径，这取决于您使用命令的方式、path变量的设置方式等

不漂亮，但它似乎确实有效
 试试看
littler
为GNU R提供了hash bang（即以#！/some/path开头的脚本）功能，以及简单的命令行和管道使用。
如果用于执行脚本的程序需要参数，可以将它们放在#的末尾！行：

不知道R，我无法正确测试，但这似乎有效：

axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$

您可能需要使用python的rpy2模块。然而，“正确”的方法是使用R CMD批处理。您可以将其修改为写入标准输出，但默认为写入.Rout文件。见下例：

[ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721

注意：您需要尝试使用--vanilla和其他选项来清除所有启动障碍
 
#/路径/to/R
不起作用，因为R本身就是一个脚本，所以
execve
不满意

我使用
R--slave-f脚本
script.R的内容：

#/usr/bin/env Rscript
args=commandArgs（trailingOnly=TRUE）
消息（sprintf（“你好%s”，args[1L]））

第一行是。最好使用
/usr/bin/env Rscript
而不是硬编码R安装路径。否则，您的脚本可能会在其他计算机上被破坏

接下来，使其可执行（在命令行上）：

chmod+x script.r

从命令行调用：

/script.r世界
#你好，世界
如果您对解析R脚本的命令行参数感兴趣，请尝试从版本2.5.x开始与R捆绑的RScript

米格尔·桑切斯的回答是应该的。执行Rscript的另一种方法是使用“env”命令来运行系统范围的Rscript

#!/usr/bin/env Rscript

请尝试使用smallR在命令行中编写quick R脚本：


（
r
目录中的命令）

使用smallR从命令行进行打印的方式如下所示：

r -p file.txt

这很有效

#!/usr/bin/Rscript

但是我不知道如果你的机器上安装了超过1个版本的R会发生什么

如果你这样做

#!/usr/bin/env Rscript

它告诉解释器只使用在你的路径上首先出现的任何R。
只是一个要添加到这篇文章中的注释。较新版本的
R
似乎在某种程度上掩盖了
Rscript
。对于2015年1月下载的OSX上的R3.1.2-1，我在

/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

所以，不要像
#那样/sw/bin/Rscript
，我需要在脚本顶部使用以下内容

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

locate Rscript
可能会对您有所帮助。
不同的R脚本需要不同的参数吗？从命令行向R脚本传递参数怎么样？是的，我认为这是“正式”的方法。从命令行运行
Rscript--help
将列出许多可以添加到shebang中的有用选项，例如
--vanilla
。我们还要提到
commandArgs
函数以及用于解析命令行的
getopt
和
optpasse
包。因此，在从命令行运行时，参数和选项也可以传递给脚本。请注意，这仅在
#时有效/usr/bin/Rscript
（这不是R脚本的标准做法）。这个答案可能会有所帮助，因为不清楚OP指的是哪个平台（*nix或Mac OS）。稍加修改（查看代码格式并删除道歉开头），这将是对此处答案的一个很好的补充。这是使用
#的另一个原因/usr/bin/env Rscript
而不是
R
脚本中的硬编码路径（并将该长路径添加到
$path
）不是“系统范围”，而是
env
将允许您运行在自己的
$path
中找到的第一个
Rscript
，因此，允许用户实际运行系统范围/默认
Rscript
（可能未安装在
/usr/which
中）以外的其他程序。我建议对
R
和
Rscript
之类的东西使用
env
，因为它们可能不会安装在标准位置。（普通的
bash
脚本通常可以安全地始终使用
#！/bin/bash
）@michael不，关于bash，你错了，这是da
/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript