R 如何使用ggplot2绘制与排序点叠加的箱线图

使用ggplot2，我可以绘制与点叠加的箱线图。但这些点位于一条垂直线上

library(ggplot2)

example_data <- data.frame(cohort = c("ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "ACC", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "CHOL", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC", "DLBC"), 
                           sample = c("A5LI", "A5JQ", "A5JP", "A5LE", "A5LG", "A5JV", "A5JD", "A5J8", "A5K8", "A5L3", "AA33", "AA30", "AA2T", "A95A", "AAZT", "A8I3", "AAV9", "A8Y4", "A8Y8", "AA31", "AAAT", "A9U4", "A7Q1", "A7DS", "A9TV", "A4D5", "A9TY", "A7CX", "A9TW", "A86F"), 
                           count = c(50, 5, 65, 22, 18, 25, 27, 86, 24, 20, 48, 96, 60, 27, 81, 34, 43, 58, 31, 77, 160, 31, 157, 104, 84, 53, 153, 111, 278, 105))


ggplot(example_data, aes(cohort, count)) + 
  geom_boxplot(aes(color = cohort)) + 
  geom_point(aes(color = cohort)) +
  scale_y_log10() +
  labs(x = NULL) +
  theme(axis.line.x = element_blank(), axis.ticks.x = element_blank(), 
        axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 0.5, hjust = 0.5), legend.position = 'none')

库（ggplot2）
如果你看你所期望的输出的样例情节，考虑尺度，基本上有两个不同的层：

总而言之：x轴作为某个类别（“DKFZ”、“Sanger”、“SMuFin”…），y轴是用于箱线图的某个值


在每个箱线图中：x轴是其他连续值，y轴与箱线图中y轴使用的值相同


这意味着每个箱线图的x轴不同于用于整个图的x轴。你需要一个“辅助x轴”。抛开所有关于这是一个好主意的评论不谈，我可以在
ggplot2
中向您展示如何做到这一点的方法

辅助x轴不是带有
ggplot2
的内置特征；但是，由于您所需的一个轴是分类/离散的（
example\u data$court
），而另一个轴是连续的（
example\u data$count
），我们可以通过一些巧妙的面格式模拟两个x轴的这种效果

总体思路是，我们根据
队列
，将您的图分为多个面，然后在每个图中，我们显示整体的箱线图（按
队列
分组）和每个面上的图点。这意味着我们的x轴值是
count
以及y轴值-我假设在实际数据中，轴值不会相同，但它可以用于示例目的。然后，我们可以使用一些
主题
元素和关于刻面标签的选项（在
ggplot2
中称为
strip.text
元素）来模拟相同的外观。我还将切换到默认情况下使用
主题\u classic（）
，因为否则您必须处理在最终绘图中没有意义的x网格线。如果需要垂直线，则必须根据数据手动或以编程方式放置垂直线

通常，面是分开的，但我通过
panel.spacing.x
将它们推到一起

并排比较绘图很有用，因此请注意，我在这里使用
cowplot:：plot\u grid（）
来排列新旧绘图，以便于演示

一个非常重要的注意事项是，我在调用
geom\u boxplot（）
时添加了
outlier.shape=NA
。这一点很重要，因为默认情况下，任何异常值都将通过
geom_boxplot（）
命令显示为点，并且它们将处于“不正确”的x位置。因为我们已经在处理所有这些点的所需位置，所以有必要像这样移除它们

p <- # your code you shared + labs(title="Old Plot")

p1 <- 
ggplot(example_data, aes(count, count)) +
  geom_boxplot(aes(color=cohort), outlier.shape = NA) +
  geom_point(aes(color=cohort)) +
  facet_wrap(~cohort, scales='free_x', strip.position = 'bottom') +
  scale_y_log10() +
  labs(title='New Plot', x=NULL) +
  theme_classic() +
  theme(
    panel.spacing.x = unit(0,'pt'),
    axis.text.x = element_blank(),
    strip.placement = 'outside',
    strip.background = element_blank(),
    axis.ticks.x = element_blank()
  )

library(cowplot)
plot_grid(p, p1)

p您好，请提供一个示例数据集，我们可以使用它来帮助您定义明确的问题？你所展示的情节的哪一部分给你带来了最大的麻烦？到目前为止，你做了什么来让它起作用？谢谢，我已经更清楚地修改了我的问题。