在R foreach（）下并行运行时无法识别动态库依赖项

我正在使用

Rfast

包，它导入包

RcppZiggurat

。我正在Linux集群（Red Hat 6.1）上运行R3.6.3。软件包安装在我的本地目录上，但R安装在系统范围内

当我直接调用Rfast函数（例如，

colsums（）

）时，它们工作得很好。但是当我在

foreach（）

循环中调用它们时，如下所示（编辑：正如Rui Barradas指出的那样，我添加了注册集群的代码，但它没有解决问题）

库（Rfast）
图书馆（双平行）
图书馆（foreach）
核心以下工作没有问题。与问题中的代码不同，它首先检测可用内核的数量，创建一个集群并使其可供
foreach
使用

library(Rfast)
library(doParallel)
library(foreach)

cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(cores)
registerDoParallel(cl)

set.seed(2020)
A <- matrix(rnorm(1e6), 1000, 1000)
cm <- foreach(n = 1:4, 
              .combine = rbind, 
              .packages = "Rfast") %dopar% {
  colmeans(A)
}

stopCluster(cl)

str(cm)
#num [1:4, 1:1000] -0.02668 -0.02668 -0.02668 -0.02668 0.00172 ...
# - attr(*, "dimnames")=List of 2
#  ..$ : chr [1:4] "result.1" "result.2" "result.3" "result.4"
#  ..$ : NULL

库（Rfast）
图书馆（双平行）
图书馆（foreach）
coresforeach的
foreach
package在当时非常棒。但是，现在，应该使用
future
进行并行计算，只为静态代码分析处理正确的输出到工人。因此，在
future
方法下，不需要向
.packages=
注册包。此外，
future
镜像了通常的R代码，只对设置输出变量作为
listenv
进行了轻微更改。例如，我们有：

库（“未来”）
图书馆（“listenv”）
图书馆（“Rfast”）
计划（调整（多进程，工人=2L））
#对于所有磁芯，直接使用：
#计划（多进程）
#生成矩阵一次
A感谢@RuiBarradas和@coatless的回答，我意识到问题不在于
foreach（）
，因为（1）问题发生在我使用
future
运行代码时，以及（2）问题发生在
foreach（）
代码时，即使在错误的调用中，我没有注册集群。当没有注册群集时，
foreach（）
将抛出警告并以顺序模式运行。但那没有发生

因此，我意识到问题一定是在调用
foreach（）
之前发生的。在日志中，它出现在消息
加载包RcppZiggurat
之后。加载此程序包时一定出了问题

然后，我检查了
RcppZiggurat
的依赖关系，发现它依赖于另一个名为
RcppGSL
的包，该包连接R和GSL库。答对了，这就是调用RcppZiggurat时需要
libgsl.so.0
的地方

因此，我制作了一个名为
test gsl.R
的R脚本，它有以下两行代码

库（RcppZiggurat）
打印（'确定'）

现在，我在head节点上运行以下命令

$ module load R/3.6.3
$ Rscript test-gsl.R

一切正常。“确定”被打印出来

但是，如果我在计算节点上提交作业，这将不起作用。首先，名为
test.sh
的PBS脚本如下

### Resources request
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=1GB

### Walltime
#PBS -l walltime=00:01:00

echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

### Run R
module load R/3.6.3
Rscript test-gsl.R

然后我跑了

qsub test.sh

错误突然出现了。这意味着在我的系统上，compute节点和head节点之间有一些不同，与包无关。我联系了系统管理员，他向我解释说GSL库在head节点的默认路径上可用，但在compute节点上不可用。因此，在我的shell脚本中，我需要在运行R脚本之前添加
模块加载gsl/2.1
。我测试了一下，一切正常

这个解决方案似乎很简单，但我对实现它的Linux管理知之甚少。只有在四处打听并尝试（相当盲目地）许多事情之后，我才最终得出这个解决方案。因此，感谢那些提供帮助的人，我一开始无法准确描述问题，这是我的过错。
我还尝试了
export-LD\u-LIBRARY\u-PATH=$LD\u-LIBRARY\u-PATH:/usr/lib64/
，并在
foreach（）
调用中添加了
.packages=c（'Rfast'，RcppZiggurat'）
。两个都失败了。你试过重新安装包
Rfast
？为什么要在这里重复发布？对不起，@DirkEddelbuettel。我在脆弱和沮丧的时刻发布了GitHub问题。我迫切需要代码来工作，因为我将在一个月内提交我的论文。几天来我一直在尝试解决依赖关系，但它们总是一个接一个地出现，我想放弃。但是在发布GitHub问题几个小时后，我平静下来，做了一些测试，意识到这是因为并行处理。所以我觉得在这里发帖是合适的。我不知道交叉张贴是不合适的。吸取的教训。我很抱歉。@RuiBarradas是的，我尝试过重新安装，首先是
RcppZiggurat
，然后是
Rfast
，但它没有解决问题。我只是测试了一下，但不幸的是，这对我来说不起作用。我的例子不正确，它意外地再现了错误。但是在实际的用例中，
foreach（）
是从
GA:：GA（）
调用的，它本身已经完成了集群注册。在Windows上，我不需要单独注册，代码可以正常工作。当我移植到Linux时，它失败了。如果您的问题（@Drumy）是
GA:：GA
没有成功导出库（我认为这是包中的一个bug），您是否尝试过1）更新包？2） 覆盖函数定义，手动添加导出。这可以使用函数定义的复制粘贴或使用
edit（GA:：GA）
手动完成。函数本身只调用了一个
foreach
，因此很容易修复。谢谢你，奥利弗。是的，GA软件包已更新（实际上它是一个新安装）。但我认为这不仅仅是GA，因为手动导出上面的Rui代码也不起作用。谢谢你的建议。我刚刚尝试了您的代码，但仍然出现相同的错误。@Drumy我删除了
futureOf（）
部分。如果你经营abo
### Resources request
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=1GB

### Walltime
#PBS -l walltime=00:01:00

echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

### Run R
module load R/3.6.3
Rscript test-gsl.R

qsub test.sh