按组给R PCoA图的个体着色

这应该是一个简单的问题，但到目前为止我还没有找到确切的方法

我有一个矩阵如下：

sample var1 var2 var3 etc.
1      5    7    3     1
2      0    1    6     8
3      7    6    8     9
4      5    3    2     4

我使用纯素进行了PCoA并绘制了结果。现在我的问题是，我想根据预定义的组为样本着色：

group sample
1     1
1     2
2     3
2     4

如何导入组，然后根据所属组绘制着色点？这看起来很简单，但我一直在挠头

谢谢！

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Seb

你说你使用了纯素PCoA，我想这意味着

wcmdscale

功能。默认的

vegan:：wcmdscale

仅返回与标准

stats:：cmdscale

类似的分数矩阵，但如果添加了一些特殊参数（例如

eig=TRUE

），则会得到一个完整的

wcmdscale

结果对象，其中包含专用的

plot

和

points

方法，您可以执行以下操作：

绘图（，type=“n”）#无可复制示例：如需编辑
点（，col=组）#无可复制示例：组必须可见

如果你有一个现代的素食主义者（2.5.x），以下方法同样有效：

图书馆（magrittr）
绘图（，type=“n”）%%>%点（“站点”，col=group）

谢谢您的回答。我试过了，但还是不行。下面是我使用的脚本：distmatrix第一件事：不要使用

plot（scores（））

，而只使用

plot

！没有

plot.scores（）

函数，如果使用

plot（scores（））

，则必须至少设置

asp=1

（用于相等的纵横比）。第二件事：现在您将图形参数赋予

scores（）

函数（您不应该使用该函数），而

scores

函数没有图形，但浪费了这些参数。您应该将这些参数赋给

plot

，而不使用

scores（）

。您是从哪里想到使用

scores（）

？当然不是来自纯素食主义者文档。谢谢你的回答。最后，通过从metaMDS函数、

points

变量和一个单独的颜色向量按顺序构建图形来解决这个问题。它是这样的：

data.mds