R：从光栅对象计算门槛、范围和熔核

我需要计算的门槛，范围和熔核从光栅层。我已经探索了gstat、usdm软件包，其中可以创建变异函数，但是我找不到一个给定光栅层的函数来估计这些参数。在大多数函数中，这些参数必须定义，例如Kriging

我有不同高度的光栅数据层，看起来像

我想从拟合到这些数据层的半变异函数参数中获取门槛、块金和范围，以创建类似于以下内容的图：

原始数据层作为多波段tiff提供。这是一张纸上的图，它进一步说明了这个概念

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这只是一个猜测。这就是我估计半方差的方法

其中

n

是其平均值小于总平均值的层数

m

是所有层的总平均值

r

是低于总平均值的每一层的平均值

s <- stack("old_gap_.tif")
m <- cellStats(mean(s), stat="mean", na.rm=T) # 0.5620522
r <- m[m < 0.5620522]
sem <- 1/53 * (0.5620522 - r)^2
plot(sem, r)

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s使用gstat，下面是一个示例：

library(raster)
library(gstat)
demo(meuse, ask = FALSE, echo = FALSE)
set.seed(131) # make random numbers reproducible
# add some noise with .1 variance
meuse.grid$dist = meuse.grid$dist + rnorm(nrow(meuse.grid), sd=sqrt(.1))
r = raster(meuse.grid["dist"])
v = variogram(dist~1, as(r, "SpatialPixelsDataFrame"))

(f = fit.variogram(v, vgm("Sph")))
#   model      psill    range
# 1   Nug 0.09035948    0.000
# 2   Sph 0.06709838 1216.737

f$psill[2] # sill
# [1] 0.06709838

f$range[2] # range
# [1] 1216.737

f$psill[1] # nugget
# [1] 0.09035948

为
r
插入您自己的光栅，它应该可以工作。更改
Sph
以适合另一个变异函数模型，尝试
plot（v，f）
以验证绘图。
请提供示例。Gstat适用于空间点。如果要使用栅格，可以将其作为空间栅格数据帧读取，也可以在光栅包中使用插值函数。光栅包提供了几个例子。我已经编辑了我的问题以添加更多细节。我不认为这是一个空间统计问题。我认为您应该估计跨层的半方差，并根据每个层的平均值绘制。但不确定这是否有帮助。当我绘制此图时，高度范围为0-1，曲线的形状与此处显示的相反；显示高度为0.5时的最小半方差。这些图像用于说明。数据有99层，每层的高度为0.5米。与高度与半方差图相比，实际数据与高度图将显示相反的趋势。我不知道对于我放在这里的数据，高度与半方差会是什么样子，但我猜它看起来与上面的图像类似。有可能看到你的绘图吗？谢谢Edzer，出于某种原因，我得到了这个错误：拟合错误。变异函数（v，vgm（“Sph”）：模型应该是在线的类变异函数模型（使用vgm）（f=拟合。变异函数（v，vgm（“Sph”））可能会更新你的gstat包？您运行哪个版本？谢谢您的帮助，但是当使用问题中所附的多波段tiff示例中我自己的光栅层时，我遇到了另一个错误。>r=s[[81]]>r类别：光栅波段：81（共99个波段）尺寸：49,50,2450（nrow，ncol，ncell）分辨率：5,5（x，y）范围：36428436453443055374305782（xmin，xmax，ymin，ymax）坐标。参考：+proj=tmerc+lat_0=0+lon_0=-75+k=0.99959932289124+x_0=500000+y_0=0+ellps=WGS84+units=m+no_defs数据源：名称：旧的_gap_81值：0.008213255，1.000001（最小值，最大值）>r=as（r，“空间像素数据帧”）>v=model.frame中的变异函数（dist~1，r）错误。默认（术语（公式），as（数据，“数据帧”），na.action=na.fail）：对象不是矩阵在示例中使用的示例数据中，请将
dist
替换为
old\u gap
<代码>名称（r）

将告诉您使用哪个名称。