运行randomForest时出错：找不到对象

因此，我试图为我的数据集安装一个随机森林分类器。我对R非常陌生，我想这是一个简单的格式问题

我读入一个文本文件并转换我的数据集，使其采用这种格式：（取出机密信息）

本质上，列是我的特征，行是我的样本，最后一列是我的响应向量，它是一列因子，分别是

然后我使用：

set.seed(1) #Set the seed in order to gain reproducibility

RF1 = randomForest(resp~., data=df.train,ntree=1000,importance=T,mtry=3)

只需尝试在我的专栏

resp

中使用其他专栏作为功能来训练RF

但我得到了一个错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'PCNA-AS1' not found

然而，通过查看我的培训资料，我可以清楚地找到该专栏，例如：

sort(unique(colnames(df.train))

---

所以我真的不明白这个错误，也不知道该怎么办。如果我没有以正确的方式提出问题，我深表歉意，谢谢您的帮助

我怀疑这是因为数据帧中有非法的变量名。让我们考虑一个数据帧，它只有一个响应变量<代码> RESP <代码>和一个变量（非法），名为“代码> PCNA—AS1 < /代码>：

(dat <- structure(list(`PCNA-AS1` = c(1, 2, 3), resp = structure(c(2L, 2L, 1L), .Label = c("0", "1"), class = "factor")), .Names = c("PCNA-AS1", "resp"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame"))
#   PCNA-AS1 resp
# 1        1    1
# 2        2    1
# 3        3    0

简而言之， 这是一个新手犯的错误，我输入的是一个矩阵，而不是导致这个错误的data.frame。我仍然不明白为什么它会抱怨这个特定的列（这不是第一个），而不是另一个。 谢谢你的帮助。 干杯

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Anthony

你能把这作为一个可重复的例子吗（也就是为导致错误的

df.train

提供样本数据）？感谢你的评论Josilber，我尝试转换为合法名称，但这不是问题。错误实际上是我给了randomForest一个矩阵（而不是一个数据框）我认为这无关紧要，randomForest可以很容易地在两者之间转换。但我错了，所以我现在解决了这个问题。@AHawks OK，那么你就更有理由编辑你的问题，使其可复制！（也就是说，包括复制问题所需的代码和数据）。尝试将数据框中的列减少到可以重现问题的最小数目，然后发布该数据集（如果您尚未了解首先发生了什么）.是的，你肯定是对的，那会更好，我会在以后的问题中这样做，只是习惯于在这里介绍堆栈溢出的问题，所以谢谢你的建议！创建/转换data.frame时，请检查.names=TRUE。因此输入data.frame可以修复问题，因为非法的列名称会被编辑。在与Matrix相比，general randomForest提供的data.frame问题要少得多。这不是答案，而是对真实答案的评论，应该标记为已接受。

(dat <- structure(list(`PCNA-AS1` = c(1, 2, 3), resp = structure(c(2L, 2L, 1L), .Label = c("0", "1"), class = "factor")), .Names = c("PCNA-AS1", "resp"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame"))
#   PCNA-AS1 resp
# 1        1    1
# 2        2    1
# 3        3    0

library(randomForest)
mod <- randomForest(resp~., data=dat)
# Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'PCNA-AS1' not found

names(dat) <- make.names(names(dat))
dat
#   PCNA.AS1 resp
# 1        1    1
# 2        2    1
# 3        3    0
mod <- randomForest(resp~., data=dat)