无法通过Rscript从一个文件夹执行所有文本文件

这是一个用于阵列质量度量的

R

脚本。第一步进行得很顺利，但在执行第二步后出现错误

library(arrayQualityMetrics)

library(limma)

library(tcltk)
X <-tk_choose.files(caption = "Choose X")

maData<-read.maimages(X, source="agilent", other.columns = "g", green.only=TRUE)

eSet<-new("ExpressionSet", exprs = maData$other$g, annotation =maData$genes[,7])

arrayQualityMetrics(eSet, outdir="QC_C", force = TRUE, do.logtransform = TRUE)

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我哪里做错了？这是文件中的错误还是Rscript错误…

请在路径下提供文件夹的完整路径，如下所示：

scanFiles<-dir(path='/path/to/folder/',pattern = ".*.txt$")

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scanfilessho谢@user3169080。我会检查并回复您您的第三行，即，
eSetI已编辑了问题中的上述Rscript。看看它，并提出一些建议………@user3169080您是否正确获得了输出？在这种情况下可以忽略警告。我得到了带有警告的输出，但我想将此Rscript集成到Java GUI中。当我在JavaGUI代码中调用这个脚本时，它根本没有运行，没有给出任何答案，只是终止为“无法完成”的else条件。所以，我想可能是因为警告导致了问题……@user3169080
scanFiles<-dir(path='/path/to/folder/',pattern = ".*.txt$")