Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/80.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
如何在R中删除heatmap.2中的列名?_R_Heatmap_Gplots - Fatal编程技术网

如何在R中删除heatmap.2中的列名?

如何在R中删除heatmap.2中的列名?,r,heatmap,gplots,R,Heatmap,Gplots,我已经建立了一个很棒的热图。2在R中,但我正试图删除热图底部的列名,因为它们难以辨认。我无法删除列名 我尝试过使用labCol=NULL,但似乎什么都没有发生。此外,colCol=“white”也不起作用。有什么建议吗 data<-read.csv("Symptoms Only.csv",row.names=1) data$Subject_type<-gsub("0","Contact",data$Subject_type) data$Subject_type<-gsub("

我已经建立了一个很棒的热图。2在R中,但我正试图删除热图底部的列名,因为它们难以辨认。我无法删除列名

我尝试过使用labCol=NULL,但似乎什么都没有发生。此外,colCol=“white”也不起作用。有什么建议吗

data<-read.csv("Symptoms Only.csv",row.names=1)

data$Subject_type<-gsub("0","Contact",data$Subject_type)
data$Subject_type<-gsub("1","Survivor",data$Subject_type)
data$Gender<-gsub("0","Male",data$Gender)
data$Gender<-gsub("1","Female",data$Gender)

condition_colors <- unlist(lapply(data$Subject_type,function(x){
  if(grepl('Contact',x)) '#FFC0CB'
  else if(grepl('Survivor',x)) '#808080'
  }))

condition_colors

colnames(data)
data<-data[-c(1:3)]
colnames(data)
data<-t(data)

data<-as.matrix(data)

x<-data

z <- heat.clust(x,
                scaledim="column",
                zlim=c(-3,3),
                zlim_select = c("dend","outdata"),
                reorder=c("column","row"),
                distfun  = function(x) as.dist(1-cor(t(x))), 
                hclustfun= function(x) hclust(x, method="ward.D"),
                scalefun = scale)

heatmap.2(z$data,
          Rowv=z$Rowv,
          Colv=z$Colv,
          trace="none",
          scale="none",
          symbreaks = TRUE,
          srtCol=90,
          adjCol=c(0.8,1),
          key=FALSE,
          dendrogram = "both",
          lhei=c(1,5),
          cexRow = 1.1,
          margins=c(4,7),
          labCol = NULL,
          xlab="complete",
          ColSideColors = condition_colors,
          col=rev(colorRampPalette(brewer.pal(10, "RdBu"))(256)),
)```

data图像是基本R图,因此设置xaxt=“n”将删除列名。您可以将列名设置为空字符串,但可能不太可取

library(gplots)
data(mtcars)
# correct solution
heatmap.2(x,xaxt="n")
# not so good
colnames(x) = rep("",ncol(x))
heatmap.2(x)

该图像是基于R的绘图,因此设置xaxt=“n”将删除列名。您可以将列名设置为空字符串,但可能不太可取

library(gplots)
data(mtcars)
# correct solution
heatmap.2(x,xaxt="n")
# not so good
colnames(x) = rep("",ncol(x))
heatmap.2(x)

您可以尝试将colnames设置为空字符串“”。因此,在您的情况下,尝试mat=z$data;colnames(mat)=rep(“,ncol(mat));热图.2(mat,Rowv=z$Rowv,Colv=z$Colv,…)天才。成功了!非常感谢,不客气!玩得开心!哦,是的,我会在下面贴一个答案和一个例子,以防有人对此感兴趣。有时难以理解的注释:)您可以尝试将colnames设置为空字符串“”。因此,在您的情况下,尝试mat=z$data;colnames(mat)=rep(“,ncol(mat));热图.2(mat,Rowv=z$Rowv,Colv=z$Colv,…)天才。成功了!非常感谢,不客气!玩得开心!哦,是的,我会在下面贴一个答案和一个例子,以防有人对此感兴趣。有时难以理解的评论:)