R 具有双向方差分析p值的汇总表（平均值和标准误差）

我试图制作一个表格，输出一项大型研究的汇总统计数据，我们通常通过双向方差分析进行分析，考察两个变量的主要影响以及相互作用

我想要一种快速运行统计数据的方法，并以易于阅读的格式输出它们，如果有好的格式，那就更好了

我已经能够获得双向方差分析输出，并且我还使用gtsummary软件包和

tbl_summary

制作了一个表格。但是，我不知道如何按多个变量分组。我的解决方案是创建一个新变量，将两个自变量组合在一起，将数据分成正确的组

可复制的例子如下

我想知道是否有一种方法可以用我现有的平均值（sem）输出制作一个表格，但要得到我的双向方差分析结果（也粘贴在下面）。在这个泰坦尼克号的例子中，我想用一个列来表示P值，表示“Sex”的主要效果，下一个列表示P值的主要效果，然后是P值，表示交互作用

有什么想法吗

library(titanic)
library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(plotrix) #has a std.error function


##I really want to look at a 2-way anova, looking for the p-value for Sex, Embarked, and their interaction.
#This code just allows me to make a table with the 4 columns I want, but of course it now won't do the correct stats.
df <- titanic_train %>%
  filter(Embarked != "C" &  Embarked != "") %>%
  mutate(grp = paste(Sex, Embarked)) #add a new column that combines Sex & Pclass

#code to make my table 
  
table1 <- df %>%  
  select(grp, Age, Fare, Survived) %>%
  tbl_summary(
    by = grp,  ##can't figure out a way to put 2 variables here (Sex & Embarked)
    missing = "ifany", 
    statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({std.error})",
    digits = all_continuous() ~ 1) %>% #this puts 1 decimal place for all values
   modify_header(stat_by = md("**{level}**<br>N =  {n}")) %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(all_stat_cols() ~ "**These are the Columns I Want**") %>%
  add_p(test = everything() ~ "aov",  ##This is a 1-way ANOVA, but I need 2 variables
  )

table1

#these are the p-values I want in my table:
two_way_anova_age <- aov(Age ~ Sex * Embarked, data = df)
summary(two_way_anova_age)

two_way_anova_fare <- aov(Fare ~ Sex * Embarked, data = df)
summary(two_way_anova_fare)

two_way_anova_surv <- aov(Survived ~ Sex * Embarked, data = df)
summary(two_way_anova_surv)

图书馆（泰坦尼克号）
图书馆（tidyverse）
图书馆（摘要）
库（plotrix）#具有标准错误功能
##我真的想看一个双因素方差分析，寻找性的p值，以及它们之间的相互作用。
#这段代码只允许我创建一个包含我想要的4列的表，但是现在它当然不能进行正确的统计。
df%
过滤器（已装载！=“C”和已装载！=“C”）%>%
mutate（grp=paste（Sex，desk））#添加一个结合Sex和Pclass的新列
#代码来制作我的桌子
表1%
选择（grp、年龄、票价、存活率）%>%
tbl_摘要(
by=grp，##想不出在这里放置两个变量的方法（Sex和Sex）
missing=“ifany”，
statistic=all_continuous（）~“{mean}（{std.error}）”，
digits=all_continuous（）~1）%>%#这将所有值放在小数点后1位
修改_头（stat_by=md（“**{level}**
N={N}”））%>%
粗体标签（）%>%
修改标题（所有列都是我想要的列**”）%>%
这是一个单因素方差分析，但我需要两个变量
)
表1
#以下是我希望在表中显示的p值：
双向方差分析年龄以下是如何将结果合并到汇总表中

库（gtsummary）
图书馆（泰坦尼克号）
图书馆（tidyverse）
库（plotrix）#具有标准错误功能
包装版本（“gtsummary”）
#> [1] '1.4.0'
#创建较小版本的数据集
df%
选择（性别、乘车、年龄、车费）%>%
过滤器（已装载！=“”）#删除空装载状态
#首先，编写一个小函数来获取表中的双向方差分析p值
#函数以获取tibble中的双向ANOVA p值
双向p%
as.formula（）%>%
aov（数据=df）%>%
扫帚：：整洁（）%>%
选择（术语，p.value）%>%
过滤器（完整。案例（%）%%>%
pivot\u更宽（名称\u from=term，值\u from=p.value）%>%
变异(
变量=.env$变量，
row_type=“标签”
)
}
#将所有结果添加到单个表中（将在下一步与gtsummary表合并）
双向结果：2 x 5
#>性别`性别：性别`可变行类型
#>                                
#>1 0.00823 3.97e-1 0.611年龄标签
#>2 0.0000000191 4.27e-16 0.0958票价标签
待定%
tbl_地层(
阶层=性别，
.tbl_乐趣=
约x%>%
tbl_摘要(
由，
missing=“否”，
statistic=all_continuous（）~“{mean}（{std.error}）”，
数字=一切（）~1
) %>%
修改\u头（所有\u stat\u cols（）~“**{level}**”）
) %>%
#将双向方差分析结果合并到tbl_汇总表中
修改表格体(
约x%>%
左联合(
双向结果，
by=c（“变量”、“行类型”）
)
) %>%
#默认情况下，新列是隐藏的，请添加标题以取消隐藏它们
修改标题（列表）(
性别~“**性别**”，
上船~“**上船**”，
`性别：登船`~“**性别*登船**”
)) %>%
#向分析结果添加跨越标头
修改标题（c（性别，登船，`性别：登船'）~“**双向方差分析p值**”）%>%
#使用pvalue格式化函数格式化p值
修改_fmt_fun（c（Sex，mounted，`Sex:mounted`）~style\u pvalue）%>%
#更新脚注，使其更美观
修改脚注（所有统计数据（）~“平均值（SE）”）


由（v1.0.0）于2021年3月27日创建
这看起来很棒。我直接复制粘贴代码；使用
remotes:：install_github（“ddsjoberg/gtsummary”）
安装，检查了软件包版本（get 1.3.7.9010），但我在“找不到”tbl_strata和“声音找不到”modify_fmt_fun这两个方面都出现了错误。你能再次检查安装开发版本时没有出现错误吗？重新启动R并尝试从新会话安装。好的，成功了，谢谢！我不得不使用
remotes:：install_github（“ddsjoberg/gtsummary”，force=TRUE）
——我认为这是唯一的区别。太好了，这是一张可爱的桌子！下一个问题，如果有人能帮忙的话——我现在正试图将这个（或类似的）转换为ANOVA输出，以循环大约100列，并将所有内容都放在一个表中。有办法做到这一点吗？在上面的例子中，我可以通过数字
df%select（Sex，indocated，（1:10））%%>%select（！（“Name”|“Ticket”））%%>%filter（indocated！=“”）来选择列，删除空的装载状态
——问题是如何在bind_rows部分类似地执行此操作。老实说，其实并不需要这一个是美丽的-可以只是通过循环一堆2路anovas和导出到CSV