编译任何代码时的Rcpp错误消息：`dyn.load中的错误（上下文$dynlibPath）：无法加载共享对象'；。。。sourceCpp_96369.so'`

当我试图编译任何代码时，我得到下面的错误消息。下面是一个示例和来自

sessionInfo（）

的输出。这个例子过去很有效，但我在使用

RcppArmadillo

时遇到了问题。因此，我安装了

gfortran

编译器的for-HPC版本，这是一个错误。R在我试图编译某些东西时崩溃了（CRAN还警告HPC版本）。最后，我在CRAN上安装了这个版本，但是现在任何对

cppFunction

或

sourceCpp

的调用都会产生下面的错误。我已经尝试卸载gfortran、R、Rcpp并再次安装它们。同样的错误。

gfortran-v

的输出有点混乱。有什么想法吗

示例代码

require("Rcpp")
cppFunction('
    int add(int x, int y, int z) { 
      int sum = x + y + z;
      return sum;
    }'
)

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
  unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
  dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

错误消息

require("Rcpp")
cppFunction('
    int add(int x, int y, int z) { 
      int sum = x + y + z;
      return sum;
    }'
)

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
  unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
  dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

会话信息的输出

R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Rcpp_0.10.1      boot_1.3-7       xtable_1.7-0     stringr_0.6.1   
[5] mi_0.09-18       arm_1.5-08       abind_1.4-0      R2WinBUGS_2.1-18
[9] coda_0.14-7      lme4_0.999999-0  Matrix_1.0-9     lattice_0.20-10 
[13] car_2.0-15       nnet_7.3-5       MASS_7.3-22      plyr_1.7.1      
[17] foreign_0.8-51  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.2   nlme_3.1-105  stats4_2.15.2 tools_2.15.2 

编译器版本

> gcc -v
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
> gfortran -v
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin8
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran
Thread model: posix
gcc version 4.2.3

---

不知怎的，我在

/usr/local/lib

中得到了一个版本的

libstdc++.6.dylib

。当我使用Rcpp或内联编译某些代码并产生错误时，会选择此版本。它似乎覆盖了

/usr/lib

中的系统版本。现在，我刚刚将

/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

重命名为

../libstdc++.6-SAVE

。我不确定这是否会产生其他问题，但Rcpp正在重新运行，并且

？cfunction

示例也可以工作

---

编辑：它实际上还是搞砸了。以下是解决当前R会话问题的步骤。1） 从

/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

开始，2）重命名

/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

，3）愉快地使用

Rcpp

。但是，当我现在重新启动R时，仍然会收到旧的错误消息。我必须再次完成这三个步骤，才能使它在当前的R会话中正常工作。

你能在没有

Rcpp

的情况下编译一些东西吗。例如，当您在<代码>？cObjy<代码>中运行代码时，从<代码>内联< /COD>包中，和/或当您尝试在C中编译三个内衬，C++中，…？您可能只是永久地破坏了您的工具链。Romain，

中的
简单Fortran示例
？C函数

起作用，但是

使用.C约定和C代码

以及使用“setCMethod”的

替代声明不起作用。顺便说一下，我还安装了Xcode命令行工具。Dirk，我会努力回去……是的，我可以编译一个简单的“Halo Work”程序，在C和C++中…也许还有希望？你能看看我的问题吗？我也有类似的错误