用R中的嵌套ifs评估一系列标准-有更好的方法吗？

我的大部分工作都是围绕肺结核的诊断测试展开的。正如您所想象的，能够快速评估和验证这些测试的输出非常方便。我写了一个函数，它就是这样做的（为了清晰起见进行了精简）。简而言之，它从测试中获取数值结果，并生成制造商指定的解释

这个函数对我来说运行得很好——我已经通过了数千个测试对它进行了验证，并且它的速度足够快，可以处理任何我抛出的东西。不过，我想将它和几个类似的函数捆绑到一个包中以供更广泛的使用，我想在这样做之前获得一些反馈：

该函数依赖于围绕嵌套if-else函数的大for循环。它并不特别优雅，对（）的恐惧无疑会损害我对某些人的信任（嗯哼），但它确实有效。有没有更好的方法？如果是这样的话，保证重新编写有效的代码是否足够好

上述功能中的标准用于解释北美的测试；世界其他地区的标准略有不同。我也想要这些。我正在考虑为每一个单独的、非导出的函数。各种数据检查（从上述要点中排除）将继续存在于主函数中，然后主函数将调用指定的子函数。这听起来合理吗

还有其他建议吗？风格、代码和组织——什么都可以

我意识到我可能应该把这只小鸟推出鸟巢，但我主要是在真空中工作，所以有点紧张。非常感谢您的建议

编辑：如果你错过了要点的链接

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根据要求，.

如果您不希望

用于

循环，请使用

应用

并编写函数以返回解释。

编辑以反映注释并根据测试数据进行验证

您可以避免任何类型的循环或

（如果

），只需使用R向量下标：

qft.interp <- function(nil, tb, mitogen, tbnil.cutoff = 0.35){

  # Set a tolerance to avoid floating point comparison troubles.
  tol <- .Machine$double.eps ^ 0.5

  # Set up the results vector
  result <- rep(NA, times = length(nil))
  result[nil+tol > 8.0] <- "Indeterminate"
  result[is.na(result) & (tb-nil+tol > tbnil.cutoff) & 
          (tb-nil+tol > .25*nil)] <- "Positive"
  result[is.na(result) & (tb-nil+tol < tbnil.cutoff | tb-nil+tol < .25*nil) &
        !(mitogen-nil+tol < 0.5)] <- "Negative"
  result[is.na(result) & ((tb-nil+tol < tbnil.cutoff | tb-nil+tol < .25*nil) &
          mitogen-nil+tol < 0.5)] <- "Indeterminate"
  result
}

all(with(tests, qft.interp(nil, tb, mitogen)) == tests$interp)

[1] TRUE

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qft.interp
result[nil+（tol>8.0）]tbnil.cutoff]&（tb-nil+（tol>0.25*nil））]潜在变化的标准是硬编码值，如8、.25等？或术语，例如中间术语？或者别的什么？你能发布一些示例数据和预期结果，这样我们就可以测试我们所做的任何更改吗？事实上，我已经有一段时间没有看过全球标准了——看起来这只是北美独有的最后一组标准（第23-26行）。这将很容易切换开关。但也有可能我想为不同的人群（如免疫功能低下的患者）添加其他标准集，或在研究中制定的替代标准。关于#1，编写良好的for循环通常比
*apply
方法更快（for循环在过去版本的R中更慢）。矢量化解决方案将是最快的。谢谢大家的帮助。虽然控制流是一个大问题，但这一问题可能有点过分了。我将进一步研究这个问题，看看是否还有问题。添加了示例数据！谢谢你的建议。我认为你需要删掉一些[I]实例来获得一个完全矢量化的解决方案，但我同意这是最干净的方法。请参阅下面我在评论中的行，这行不通。这种方法的问题是，后面的标准可能会覆盖前面的标准：例如，在样本数据中有一个测试，nil=9.41，tb=6.73，mitogen=10。这是最初设定的（正确的）不确定值，但后来改为负数。原始的
if（）
流阻止了这种情况的发生。@马特·帕克：您可以将
is.na（result）
添加到后面的每个条件中。那么你会保留优先权。@Joshua:的确如此！刚刚在一个更大的数据集上验证了这一点，结果与以前一样。
apply
只是
for
的一种很好的形式，通常不是快速正确的，这就是为什么我倾向于忘记它。无论如何，速度在这里并不重要——它已经足够快了。不过，相当不错。谢谢你的评论。注意Matt Parker的评论，即标准不是MECE，因此您应该添加
！将.na（result）
添加到一些测试中。看看我的最新答案。@Andrie：很好，你已经找到了。我不知道他们是否真的相互排斥。我确实认为收紧代码（如di）将使维护和调试更容易。
result[ nil + (tol > 8.0)] <- "Indeterminate"
result[(tb - nil + (tol > tbnil.cutoff) ) & (tb - nil + (tol > .25 * nil) )] <- "Positive"
result[ (tb - nil + (tol < tbnil.cutoff) )| (tb - nil + (tol < .25 * nil)) &
                         !(mitogen - nil + tol < 0.5) ] <- "Negative"
result[ (tb - nil + (tol < tbnil.cutoff) ) | (tb - nil + (tol < .25 * nil) ) & 
                          (mitogen - nil + (tol < 0.5) ) ] <- "Indeterminate"