R XCMS包-保留时间

有没有一种简单的方法可以从

xcmsRaw

对象获取保留时间列表/数组

示例代码：

xraw <- xcmsRaw(cdfFile) 

或

---

您可以使用查看

xcmsRaw

实例中的可用插槽

> slotNames(xraw)
 [1] "env"                   "tic"                   "scantime"             
 [4] "scanindex"             "polarity"              "acquisitionNum"       
 [7] "profmethod"            "profparam"             "mzrange"              
[10] "gradient"              "msnScanindex"          "msnAcquisitionNum"    
[13] "msnPrecursorScan"      "msnLevel"              "msnRt"                
[16] "msnPrecursorMz"        "msnPrecursorIntensity" "msnPrecursorCharge"   
[19] "msnCollisionEnergy"    "filepath"

您需要的是

xraw@msnRt

-它是一个

向量

，属于

数值

env

插槽是一个存储3个变量的环境：

> ls(xraw@env)
[1] "intensity" "mz"        "profile"

有关类本身的更多详细信息，请访问

class？xcmsRaw

编辑：仅当您指定

includeMSn=TRUE

并且输入文件必须位于

mzXML

或

mzML

中，而不是位于

cdf

中时，才会填充

msnRt

插槽；如果使用

？xcmasRaw

中的

faahKO

示例，您将看到

xr <- xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE)
Warning message:
In xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE) :
  Reading of MSn spectra for NetCDF not supported

但是，如果您选择此路线，您将不在默认的

xcms

管道中（尽管

xcms

的Steffen Neumann非常清楚

mzR

）

最后，如果您想最大限度地获得

xcms

开发人员的反馈，最好使用的Bioconductor

---

希望这有帮助。

答案不错，但我一直在寻找：

xraw <- xcmsRaw(cdfFile)
dp_index <- which(duplicated(rawMat(xraw)[,1]))
xraw_rt_dp <- rawMat(xraw)[,1]
xrawData.rt <- xraw_rt_dp[-dp_index]

观察-->使用mzr包：

nc     <- mzR:::netCDFOpen(cdfFile)
ncData <- mzR:::netCDFRawData(nc)
mzR:::netCDFClose(nc)

ncData$rt #contains the same retention time for the same input !!!

---

nc我对该软件包一无所知，但文档表明这可能就是您想要的
xraw@msnRt
？好的，我尝试了您的解决方案，但对于真实数据，它不会返回任何内容。但你是对的，它应该是……可能是因为你正在使用的对象中没有保留时间信息，但这正是信息应该存在的地方。从
class@xcmsRaw<代码> >代码> MSNRT：扫描< /代码>的保留时间。我认为这是一个很好的unSWER，但我已经做了一个关于我真正想做的帖子！！！和
相同（ncData$rt，hd$retentionTime）
为
TRUE
> library(mzR)
> cdffiles[1]
[2] "/home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF"
> xx <- openMSfile(cdffiles[1])
> xx
Mass Spectrometry file handle.
Filename:  /home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF 
Number of scans:  1278 
> hd <- header(xx)
> names(hd)
 [1] "seqNum"                   "acquisitionNum"          
 [3] "msLevel"                  "peaksCount"              
 [5] "totIonCurrent"            "retentionTime"           
 [7] "basePeakMZ"               "basePeakIntensity"       
 [9] "collisionEnergy"          "ionisationEnergy"        
[11] "highMZ"                   "precursorScanNum"        
[13] "precursorMZ"              "precursorCharge"         
[15] "precursorIntensity"       "mergedScan"              
[17] "mergedResultScanNum"      "mergedResultStartScanNum"
[19] "mergedResultEndScanNum"  
> class(hd)
[1] "data.frame"
> dim(hd)
[1] 1278   19

xraw <- xcmsRaw(cdfFile)
dp_index <- which(duplicated(rawMat(xraw)[,1]))
xraw_rt_dp <- rawMat(xraw)[,1]
xrawData.rt <- xraw_rt_dp[-dp_index]

xrawData.rt #contains the retention time.

nc     <- mzR:::netCDFOpen(cdfFile)
ncData <- mzR:::netCDFRawData(nc)
mzR:::netCDFClose(nc)

ncData$rt #contains the same retention time for the same input !!!