R热图和pheatmap输出

我正在使用R

heatmaply

包生成交互式热图。我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用

pheatmap

软件包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有办法做到这一点吗？ 提前谢谢。 Arturo

您可以使用

formals（）

获取

pheatmap（）

的默认颜色参数

然后将

heatmaply（）

的颜色参数设置为相同的参数：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

col
col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")