具有一定条件的findoverlap区域

我试着用FindVerlap来解决这个问题，但我只找到没有条件的重叠区域，所以如果我有条件选择数据。我该怎么办

假设有两个数据帧，如下所示

数据帧a

Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
CNV1234,  2000,  3000,  CN gain,  23,  235, 9, intron
CNV1534,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, exon

数据帧b

Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
CNV234,  2500,  3500,  CN gain,  23,  235, 9, exon 
CNV34,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, intron

我有两个问题

首先，我想找到这两个数据帧之间的重叠，CNV是有超过50%的长度重叠，这个重叠在内含子区域

其次，我想知道重叠区域的长度

我希望我的结果有这样一个数据帧

Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region, overlap, length of overlap
CNV1234,  2000,  3000,  CN gain,  23,  235, 9, intron, CNV234, 500

这是你的数据

a <- read.csv(textConnection(
    "Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
     CNV1234,  2000,  3000,  CN gain,  23,  235, 9, intron
     CNV1534,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, exon"))

b <- read.csv(textConnection(
    "Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
     CNV234,  2500,  3500,  CN gain,  23,  235, 9, exon 
     CNV34,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, intron"))

结果可以强制返回到一个数据帧，并使用

作为.data.frame（result）

，或者您的下游分析可以通过GRanges基础设施自然完成

最好询问有关Bioconductor上的软件包的问题（无需订阅）。可能有更有效的方法可以做到这一点，邮件列表上的人将提供这些解决方案。

这是您的数据

a <- read.csv(textConnection(
    "Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
     CNV1234,  2000,  3000,  CN gain,  23,  235, 9, intron
     CNV1534,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, exon"))

b <- read.csv(textConnection(
    "Sample, start, stop, event, probe, length, length/probe, region
     CNV234,  2500,  3500,  CN gain,  23,  235, 9, exon 
     CNV34,  1200,  1800,  CN loss,  60,  600  10, intron"))

结果可以强制返回到一个数据帧，并使用

作为.data.frame（result）

，或者您的下游分析可以通过GRanges基础设施自然完成

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最好询问有关Bioconductor上的软件包的问题（无需订阅）。可能有更有效的方法可以做到这一点，邮件列表上的人将提供这些解决方案。

你的回答对我很有帮助。你的回答对我很有帮助。

h <- findOverlaps(gr1, gr2)

wd <- width(pintersect(gr1[queryHits(h)], gr2[subjectHits(h)]))
ok <- wd > width(gr1[queryHits(h)]) / 2
h <- h[ok]

result <- gr1[queryHits(h)]
mcols(result) <- cbind(mcols(result), mcols(gr2[subjectHits(h)]))
result$`width of overlap` <- wd[ok]