R ggplot2：打印2个变量（直线和点）并对齐2个打印

我最近开始使用ggplot2，但我发现有很多困难。。。此时，我只想将两个不同的变量绘制成一个带有点和线的图（在plot函数中type=两者），并将生成的图放置在共享相同x轴的直方图上方并对齐

所以我有这个data.frame：

GO.df <- data.frame(GO.ID=paste("GO",c(1:29),sep=""),
                    occ=c(1:29),
                    pv=c(5.379594e-05, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02),
                    adj.pv=c(0.004088492, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.042000065, 0.042000065, 0.042000065, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.047652596, 0.047652596, 0.047652596))

在直方图（变量“occ”）上方，并与其对齐。 这是我到目前为止对ggplot2的了解：

#install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
#install.packages("reshape")
library(reshape)
#install.packages("gridExtra")
library(gridExtra)

GO.df2 <- melt(GO.df, measure.vars=c("pv", "adj.pv"))
p1 <- ggplot(GO.df2, aes(x=GO.ID, y=value, colour=variable)) + geom_point() + ylab("p-values") + xlab(NULL)
p2 <- ggplot(GO.df2, aes(x=GO.ID, y=occ)) + geom_bar(stat="identity") + ylab("Num of Ocurrences")
grid.arrange(
  p1, 
  p2,
  nrow = 2,
  main = textGrob("GO!", vjust = 1, gp=gpar(fontface = "bold", cex = 1.5)))

#安装程序包（“ggplot2”）
图书馆（GG2）
#安装软件包（“重塑”）
图书馆（重塑）
#安装程序包（“gridExtra”）
图书馆（gridExtra）
GO.df2我可能不会使用
grid.arrange
，而是执行类似的操作：

    dat <- rbind(GO.df2,GO.df2)
    dat$grp <- factor(rep(c('p-values','Num of Ocurrences'),each = nrow(GO.df2)),
                      levels = c('p-values','Num of Ocurrences'))
    dat$GO.ID <- factor(dat$GO.ID,levels = unique(dat$GO.ID))

ggplot(dat,aes(x = GO.ID)) + 
    facet_grid(grp~.,scales = "free_y") +
    geom_point(data = subset(dat,grp == 'p-values'),
               aes(y = value,colour = variable)) + 
    geom_line(data = subset(dat,grp == 'p-values'),
              aes(y = value,colour = variable,group = variable)) + 
    geom_bar(data = subset(dat,grp == 'Num of Ocurrences'),
             aes(y = occ),stat = "identity") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) +
    ylab("")

dat虚拟切面的替代方案，如果您希望单独对每个绘图进行更多控制

library(gtable) ; library(grid)

p1 <- qplot(GO.ID, value, colour=variable, group = variable, 
            data = GO.df2, geom=c("point", "line")) +
  theme(plot.margin = unit(c(1, 1, -0.5, 0.5), "lines"),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank())

p2 <- qplot(GO.ID, occ, data = GO.df2, geom="bar", stat="identity") +
  theme(plot.margin = unit(c(0, 1, 0.5, 0.5), "lines"))

g1 <- ggplotGrob(p1)
g2 <- ggplotGrob(p2)
g2 <- gtable::gtable_add_cols(g2, widths=unit(0,"mm"))
g <- gtable:::rbind_gtable(g1, g2, "first")

grid.newpage()
grid.draw(g)

库（gtable）；图书馆（网格）
非常感谢，这个解决方案看起来非常好。然而，值仍然是“分散的”，而不是有序的。。。有没有可能在图例中添加一个代表“出现次数”的黑色正方形（以及删除“变量”标记）？@DaniCee排序是我的疏忽，现已修复。或者，只需将图例放在上面，并在上面绘制，是否有可能？@DaniCee删除“变量”
+主题（legend.title=element_blank（））
@DaniCee查看
？主题
。您需要仔细研究一长串选项。包括
图例。位置
和
图例。方向
。
library(gtable) ; library(grid)

p1 <- qplot(GO.ID, value, colour=variable, group = variable, 
            data = GO.df2, geom=c("point", "line")) +
  theme(plot.margin = unit(c(1, 1, -0.5, 0.5), "lines"),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank())

p2 <- qplot(GO.ID, occ, data = GO.df2, geom="bar", stat="identity") +
  theme(plot.margin = unit(c(0, 1, 0.5, 0.5), "lines"))

g1 <- ggplotGrob(p1)
g2 <- ggplotGrob(p2)
g2 <- gtable::gtable_add_cols(g2, widths=unit(0,"mm"))
g <- gtable:::rbind_gtable(g1, g2, "first")

grid.newpage()
grid.draw(g)