R 将数据帧中的因子转换为整数

我有以下代码

anna.table<-data.frame (anna1,anna2)
write.table<-(anna.table, file="anna.file.txt",sep='\t', quote=FALSE) 

等等

之后，我试图只获得符合某些标准的值，例如分数小于特定值

因此，我正在做以下工作

chr         start    end      score
chr2      41237927  41238801    151
chr1      36976262  36977889    226
chr8      83023623  83025129    185

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
significant.anna<-subset(anna.total,score <=0.001)

Error: In Ops.factor(score, 0.001) <= not meaningful for factors

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
anna.total$score.new<-as.numeric (as.character(anna.total$score))
write.table(anna.total,file="peak.list.numeric.v3.txt",append = FALSE ,quote = FALSE,col.names =TRUE,row.names=FALSE, sep="\t")

anna.peaks<-subset(anna.total,fdr.new <=0.001)
Warning messages:
1: In Ops.factor(score, 0.001) : <= not meaningful for factors

---

anna3使用
anna.table
（顺便说一句，它是一个数据帧，表是其他东西！），最简单的方法就是：

anna.table2 <- data.matrix(anna.table)

其他选项是强制所有因子变量为其整数级别。以下是一个例子：

## dummy data
set.seed(1)
dat <- data.frame(a = factor(sample(letters[1:3], 10, replace = TRUE)), 
                  b = runif(10))

## sapply over `dat`, converting factor to numeric
dat2 <- sapply(dat, function(x) if(is.factor(x)) {
                                    as.numeric(x)
                                } else {
                                    x
                                })
dat2 <- data.frame(dat2) ## convert to a data frame

但是，请注意，仅当您需要底层数字表示时，上述操作才有效。如果你的因子基本上是数值级的，那么我们需要更巧妙地将因子转换为数值，同时保留在这些级别中编码的“数值”信息。以下是一个例子：

## dummy data
set.seed(1)
dat3 <- data.frame(a = factor(sample(1:3, 10, replace = TRUE), levels = 3:1), 
                   b = runif(10))

## sapply over `dat3`, converting factor to numeric
dat4 <- sapply(dat3, function(x) if(is.factor(x)) {
                                    as.numeric(as.character(x))
                                } else {
                                    x
                                })
dat4 <- data.frame(dat4) ## convert to a data frame

如果我们只是将其转换为数字，那么当R转换底层代码时，我们会得到错误的数据

> as.numeric(dat3$a)
 [1] 3 2 2 1 3 1 1 2 2 3

如果我们先将因子强制为字符向量，然后强制为数字向量，我们将保留原始信息，而不是R的内部表示

> as.numeric(as.character(dat3$a))
 [1] 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1

如果您的数据与第二个示例类似，那么您不能使用简单的
data.matrix（）
技巧，因为这与将
as.numeric（）
直接应用于系数相同，正如第二个示例所示，这不会保留原始信息。
我知道这是一个较老的问题，但我也遇到了同样的问题，也许这会有所帮助：

在这种情况下，您的分数列似乎不应该成为因子列。这通常发生在read.table之后，当它是文本列时。根据您来自哪个国家，您可以使用“.”分隔浮动，而不是“.”。然后R认为这是一个字符列，并使其成为一个因素。在这种情况下，加文的答案将不起作用，因为R不会使“123456”变为123.456。您可以在文本编辑器中使用replace“，”with“.”轻松解决此问题。
@Anna您编辑的问题与以前几乎相同。我的答案包括使用
as.numeric（）
。还有一个问题，我将相应地编辑我的答案。非常感谢……我如何使用as数字直接转换anna.total$分数？以下是正确的吗？new.score-查看我编辑的答案。我没有
分数
或您的原始数据。很大程度上取决于文本文件的外观等以及您如何读取。是否可以从此处向您发送我文件的一部分以查看其外观？@Anna编辑您的问题，并包括dput（head（ann.total，n=10））的输出。

。然后，我们可以使用它来加载您在R会话中拥有的数据（好吧，值10行），或者使用

dec=“，”

，读取中的数据，这就是该参数的作用。

> dat3$a
 [1] 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1
Levels: 3 2 1

> as.numeric(dat3$a)
 [1] 3 2 2 1 3 1 1 2 2 3

> as.numeric(as.character(dat3$a))
 [1] 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1