在R中存储长字符串（DNA序列）

我写了一个函数，可以在一个长的DNA序列中找到子序列的索引。当我较长的DNA序列<约4000个字符时，它起作用。但是，当我尝试将相同的函数应用于更长的序列时，控制台会给我一个+而不是>。。。这让我相信问题出在字符串的长度上

例如：当较长的序列是：“gatatgcatactt”，子序列是：“ATAT”时，我得到索引“1,3,9”（基于0）

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dnaMatch我可以复制nrussell的示例，但是这会正确地分配
x，而不是编写自己的函数，为什么不使用软件包seqinr中的function words.pos呢。它似乎对多达一百万个碱基对的字符串也有效

比如说,

library(seqinr)
data(ec999)
myseq <- paste(ec999[[1]], collapse="")
myseq <- paste(rep(myseq,100), collapse="")
words.pos("atat", myseq)

库（seqinr）
数据（ec999）
myseq“控制台给我一个+而不是>”-这通常是由于缺少
）
，
“
，
”
或
}
。你有没有仔细检查你的代码是否有拼写错误？对不起，澄清一下：当我试图将一个任意变量设置为一个很长的DNA序列时，控制台给了我这个提示。ie:dna我明白了，我可以通过运行
cat（paste0（rep（“abcdef”，1000），collapse=”“）
，复制输出，并尝试将其分配给一个对象
x来复制这个问题，我可以复制您的示例nrussell，但这可以正确分配
xussing
dnaMatch（x，'ATATAT'）
vs
gregexpr（'ATATAT'，x）
在长度为100k的字符串上，分别为49秒和0.003秒。很抱歉，我再也没有耐心运行您的循环了，它使用
while
循环、增长对象和
substr
。。可能不是有史以来最快的。并且只是
regexpr
的包装器，无论如何不是最快的，但是她的例子表明她想要找到非不相交的匹配项。
基本上，我的问题是。。。有没有办法绕过string类中的字符限制？
-我认为她的问题实际上是关于R解释器的缓冲区的问题，即它一次只能处理有限数量的文本输入到控制台；不是关于她功能的表现。谢谢-这就是我最终要做的！酷！您还应该研究正则表达式匹配。在这种情况下，它可以成为救命稻草。
`test<-read.table('test.txt',stringsAsFactors = FALSE)
 length(class(test[1,1]))
[1] 1
class(test[1,1])
[1] "character"
 nchar(test[1,1])
[1] 6000`

library(seqinr)
data(ec999)
myseq <- paste(ec999[[1]], collapse="")
myseq <- paste(rep(myseq,100), collapse="")
words.pos("atat", myseq)