如何使用正确的R和软件包版本构建Docker映像，然后使用它们打开Rstudio？

我刚刚写完一份手稿，准备在一家科学杂志上发表。我希望我的研究是可复制的，因此除了在Github上共享我的原始和编译的R markdown笔记本外，我还希望在Docker容器中保存我分析数据的环境（包括数据、笔记本以及特定的R和包版本）。此外，我希望任何试图复制我的作品的人都能够在交互式Rstudio会话中执行此代码

我能够用正确的环境创建Dockerfile。以下是一个玩具示例：

FROM rocker/r-ver:3.5.1

RUN mkdir /home/working_directory
RUN mkdir /home/working_directory/bin

RUN R -e 'options(repos = \
  list(CRAN = "http://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/2019-01-01")); \
  install.packages("ggplot2")'

COPY current/0[1-8]-*.Rmd /home/working_directory/
COPY current/bin/utils.R /home/working_directory/bin/

RUN R

但是，这不允许用户阅读Rmd笔记本并逐行执行代码。一个解决方法是运行image-rocker/rstudio，然后从那里安装软件包，但我希望能够通过一个docker构建调用来实现这一点。不幸的是，我没能做到

干杯

图像应该有您需要的-RStudio在顶部R。如果您特别想要R 3.5.1，您可以在这里找到源代码：

有关如何使用它的更多详细信息，请阅读

仅使用带有特定R版本的预构建图像

# with R version 3.5.1:
docker pull rocker/rstudio:3.5.1

要以交互方式查看图像，请执行以下操作：

docker run --rm -it rocker/rstudio:3.5.1 bash

现在我们可以运行以下示例：

# Check R version
Rscript -e "sessionInfo()[['R.version']][['version.string']]"
# [1] "R version 3.5.1 (2018-07-02)"

# Check RStudio Server version
rstudio-server version
# 1.1.463

# Exit when done
exit

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我一直在努力解决这个问题。可以使用特定版本的R通过

docker pull rocker/RStudio

拉动rocker RStudio容器吗？我试过

docker pull-e R_VERSION=3.2.5 rocker/rstudio

但这是R的最新版本，而不是3.2.5。您只需运行

docker pull rocker/rstudio:3.5.2

，这是一个可用标签列表。非常感谢！现在，假设出于再现性目的，我想从MRAN的特定快照安装一个包。我可以添加一行类似于Dockerfile中的行吗？运行R-e选项（repos=\list（CRAN=“）；\install.packages（“tidyverse”）“由于系统依赖性的潜在需求，这不是完全直截了当的回答，但如果您特别寻找

tidyverse

，好消息是Rocker项目也有一个与R和R Studio顶部的图像：。如果您严格地想管理版本，那么调整和创建您的ow可能是一个好主意n图像。您可以从使用MRAN快照的

r-ver

中获得灵感，例如在此处搜索MRAN：