R） Counts.csv.gz文件到Seurat对象

我通常通过

Read10X

函数将过滤后的特征bc矩阵导入R环境，包括

barcodes.tsv.gz

、

features.tsv.gz

和

matrix.mtx.gz

文件，并通过

CreateSeuratObject

函数将数据转换为Seurat对象

然而，我发现一些公开的已处理的

scRNA-seq数据

仅以

counts.csv.gz

文件的格式共享。 因此，我尝试通过以下命令将

counts.csv.gz

文件转换为Seurat对象

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countsData首先，count matrix作为

CreateSeuratObject（）

的输入应该在列中包含单元格，在行中包含特征。似乎应该使用t（）将导入的计数和行名进行转换

我建议您这样做：

countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv", header = TRUE, row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData), project = "Tumor2", min.cells = 3, min.features = 200)

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countsData谢谢您的回复。当我尝试您建议的以下命令时（countsData和..当我仅通过t（）转换导入的计数时，我遇到了此错误；“CreateAssaryObject中的错误（计数=计数，min.cells=min.cells，min.features=min.features）：输入矩阵中没有单元名称（colnames）名称”@Juhee我认为数据集有重复的单元格名称。请尝试不使用
行的代码。名称=1
。