日本航空公司；R：在三维数组中存储矩阵乘法乘积的结果

我正在用JAGS从R运行一个分层贝叶斯模型，通过定义四个不同的矩阵来编写似然函数，然后使用矩阵乘法来获得每个场景的完全似然。更具体地说（如果有帮助的话），我有一个状态空间多事件标记再捕获模型，每个矩阵都是一个状态转换，但有4个转换需要考虑。我有一个运行良好的模型，但现在我想给我的模型添加时间依赖性，因此我希望我的四个矩阵中的每一个都有第三维（时间）。我的问题是，如何在我的JAGS模型规范中对这些三维数组执行矩阵乘法，并将得到的矩阵集存储在三维数组中

library(abind)


phiA <- seq(0,1,.01)
calc <- function(t) {
    px1<-array(dim=c(4,4))
    px2<-array(dim=c(4,4))
    px3<-array(dim=c(4,4))
    px1[1,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px1[2,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px1[3,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px1[4,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px2[4,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px2[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px2[2,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px2[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px3[2,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px3[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px3[4,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px3[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    px1 %*%  px2 %*%  px3
}

abind(lapply(1:length(phiA), calc), along=3)

在我的原始模型中，我这样定义每个矩阵（不是我的真实矩阵或维度）：

第二次尝试：

    for (t in 1:yrs) {
      #[define 3-D matrices here as above]
    
      px[1:4,1:4,t]<-px1[1:4,1:4,t] %*% px2[1:4,1:5,t] %*% px3[1:5,1:4,t]
    } #t

第1021行是jags文件中的矩阵乘法行

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如果您能在这方面提供帮助，我将不胜感激，谢谢

假设

calc

是计算矩阵积的函数，您可以

lappy

计算到它的年份，并使用

abind:：abind

函数将结果列表项绑定到三维数组中

library(abind)


phiA <- seq(0,1,.01)
calc <- function(t) {
    px1<-array(dim=c(4,4))
    px2<-array(dim=c(4,4))
    px3<-array(dim=c(4,4))
    px1[1,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px1[2,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px1[3,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px1[4,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px2[4,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px2[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px2[2,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px2[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px3[2,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px3[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px3[4,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px3[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    px1 %*%  px2 %*%  px3
}

abind(lapply(1:length(phiA), calc), along=3)

库（abind）
phiA假设
calc
是计算矩阵积的函数，您可以
lappy
计算年份，并使用
abind:：abind
函数将结果列表项绑定到三维数组中

library(abind)


phiA <- seq(0,1,.01)
calc <- function(t) {
    px1<-array(dim=c(4,4))
    px2<-array(dim=c(4,4))
    px3<-array(dim=c(4,4))
    px1[1,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px1[2,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px1[3,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px1[4,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px2[4,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px2[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px2[2,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px2[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px3[2,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px3[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px3[4,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px3[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    px1 %*%  px2 %*%  px3
}

abind(lapply(1:length(phiA), calc), along=3)

库（abind）
phiA解决方案必须在JAGS中工作（即，在BUGS语言中），因此我认为这对我的问题不起作用。@Gina不是u使用RYes，我使用的是R，但我遇到问题的代码位于我的JAGS模型规范块中，它必须是BUGS语言。这在我最初的问题中不是很清楚。我已经修改了我的问题，使其更加明确。解决方案必须在JAGS中工作（即，在BUGS语言中），因此我认为这对我的问题不起作用。@Gina不是u使用RYes，我使用R，但我遇到问题的代码位于我的JAGS模型规范块中，它必须是BUGS语言。这在我最初的问题中不是很清楚。我修改了我的问题，使之更加明确。
    for (t in 1:yrs) {
      #[define matrix 3-D px1 matrix as above]
      px1.tmp[1:4,1:4]<-px1[,,t]  #store first 2 dimensions in temporary matrix
    
      #[define matrix 2 as above]
      px2.tmp[1:4,1:5]<-px2[,,t]
    
      #[define matrix 3 as above]
      px3.tmp[1:5,1:4]<-px3[,,t]
    
      px.tmp<-px1.tmp %*% px2.tmp %*% px3.tmp
    
      px[,,t]<-px.tmp
    }

    model {
      #JAGS model code here...
    } #end JAGS model code

    px<-array(dim=c(4,4,Years)


>RUNTIME ERROR:
>Compilation error on line 1021.
>Cannot evaluate subset expression for px

library(abind)


phiA <- seq(0,1,.01)
calc <- function(t) {
    px1<-array(dim=c(4,4))
    px2<-array(dim=c(4,4))
    px3<-array(dim=c(4,4))
    px1[1,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px1[2,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px1[3,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px1[4,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px2[4,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px2[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px2[2,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px2[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    
    px3[2,1:4]<-c(phiA[t],0,0,1-phiA[t])
    px3[1,1:4]<-c(0,phiA[t],0,1-phiA[t])
    px3[4,1:4]<-c(0,0,phiA[t],1-phiA[t])
    px3[3,1:4]<-c(0,0,0,1)
    px1 %*%  px2 %*%  px3
}

abind(lapply(1:length(phiA), calc), along=3)