以批处理的形式向网格提交R脚本

我想向网格提交一份R作业。我已将主R代码保存在

MGSA_rand.R

在文件

callmgsa.r

中，我已经编写了

print('here')
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r')
mgsalooprand($SGE_TASK_ID,382)

我使用文件

Rscript.sh

调用作业（使用

-t

参数发送与

$SGE\u TASK\u ID）对应的值）

我提交的工作如下：

qsub -t 1 -cwd -b y -l  vf=1000m /home/users/pegah/Rscript.sh  

我既没有得到错误，也没有得到任何输出。作业在我提交时终止，没有任何输出。你能帮帮我吗？

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谢谢，Pegah

变量

$SGE\u TASK\u ID

是一个shelscript变量。用同样的语法在R中调用它是行不通的。您可以使用

Rscript

代替。从您调用的shell脚本：

Rscript callmgsa.r $SGE_TASK_ID

在R脚本中，您可以捕获命令行参数，如：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print('here')
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r')
mgsalooprand(args[1],382)

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args变量
$SGE\u TASK\u ID
是一个shelscript变量。用同样的语法在R中调用它是行不通的。您可以使用
Rscript
代替。从您调用的shell脚本：

Rscript callmgsa.r $SGE_TASK_ID

在R脚本中，您可以捕获命令行参数，如：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print('here')
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r')
mgsalooprand(args[1],382)

args您是否尝试将Rscript作为shebang？这是创建脚本的常用方法：如果$SGE_TASK_ID是一个环境变量，则需要使用
Sys.getenv（“SGE_TASK_ID”）
在R脚本中访问它。您是否尝试过将Rscript作为一个shebang？这是创建脚本的常用方法：如果$SGE\u TASK\u ID是一个环境变量，则需要使用
Sys.getenv（“SGE\u TASK\u ID”）
在R脚本中访问它。谢谢您的回答。但是我应该把R本身称为什么呢？我在Rscript.sh中调用了它。您通过shellscript使用Rscript调用R。。。。或者在callmgsa.r的顶部放一个shebang，类似于
#/安装/bin/Rscript的路径，并使文件成为可执行文件
chmod+x callmgsa.R
。感谢您的回答。但是我应该把R本身称为什么呢？我在Rscript.sh中调用了它。您通过shellscript使用Rscript调用R。。。。或者在callmgsa.r的顶部放一个shebang，类似于
#/安装/bin/Rscript的路径，并使文件成为可执行文件
chmod+x callmgsa.R
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