R-allelic软件包的使用

我是一名生物信息学的学生，也是一名业余的R用户。我浏览了几乎整个互联网，除了“Bioconductor”网站提供的文档外，没有任何关于该软件包工作的示例。我目前正在研究“Bioconductor”提供的“等位基因失衡”软件包，用于处理基因组数据，如大型“BAM”文件，以找到特定的等位基因位置，然后对其进行分析。我通过创建一个BAM格式的文件继续他们的教程。随后，为了操作文件，我设置了保存文件的工作目录。 操作代码是-

> library(AllelicImbalance)
> searchArea<-GRanges(seqnames = c("17"), ranges = IRanges(79478301, 79478361))
> pathToFiles<-system.file("ERR009135.bam", package = "AllelicImbalance")
> reads<-impBamGAL(pathToFiles, searchArea, verbose=FALSE) 

我使用的样本在这里，是成对的“fastqc”文件- 要下载这些文件，需要稳定快速的互联网连接。后来，我使用文件“ERR009135.BAM”中的“Linux”将这些文件转换为“BAM”格式

我想知道这是一个常规的R语法错误还是一个重大错误，我需要修改我的文件，比如“BAM”文件（ERR009135.BAM）。请回复任何建议或修改。我们将不胜感激。

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提前谢谢你

您是如何将fastqc文件转换为bam的？你使用了什么基因组/比对器？有时（或者我应该经常说？）染色体名称的不一致会导致麻烦（“17”或“chr17”）。不过，我对“Allelic2”不太熟悉。@Feng:我用“Bowtie2”创建BAM文件。然后将人类基因组与样本对齐。

Error in .local(UserDir, ...) : No bam files found in 
In addition: Warning message:
In normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) :
  path[1]="": The filename, directory name, or volume label syntax is incorrect