Rcpp 理解“Makevars”以链接到R包中的外部C库

我正在开发一个软件包，其中包括来自第三方库（SUNDIALS）的C代码。该包编译并使用以下执行静态链接的

Makevars

文件工作（即，能够解决测试ODE）

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_cvode.a $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_nvecserial.a

但是，稍微修改的版本（基于R-Exts中的示例，即-

Makevars

（以下）的PKG_LIBS=-L$（XML_DIR）/lib-lxml2）失败

失败，并显示以下错误消息

Error: package or namespace load failed for ‘Rcppsbmod’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so, 6): Library not loaded: libsundials_cvode.3.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so
  Reason: image not found
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’

Exited with status 1.

当我将

pkgldflags

指定为

/usr/local/lib

时，我不确定它为什么要在另一个位置查找库

另外，SUNDIALS包编译并使用以下命令的测试示例

gcc -Wall cvRoberts_dns.c -o cvRoberts_dns.exe -I/usr/local/include -L/usr/local/lib/ -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm

因此，我知道库已正确安装，并且可以在

/usr/local/lib

位置获得正确的文件（用于链接）

整个软件包源代码可在以下位置找到-

---

任何帮助或指导都将不胜感激

系统范围的动态链接，就像在第二个失败的用例中一样，需要系统上的动态链接器的合作

这意味着在将库编译并复制到

/usr/local/lib

之后，通常必须运行

sudo ldconfig

来更新链接器缓存

您可以通过查询

ldconfig-p

的输出来检查库是否已知。在我的系统上，没有日晷：

edd@rob:~$ ldconfig -p | grep sundials
edd@rob:~$ 

相关地，您可以（本地）通过在中声明不同的目录来使用它们

/etc/ld.so.conf.d/somefile.conf

——但这当然是不可移植的，也无助于您使用指定用于CRAN的包

---

在第一个示例中，使用作为包的一部分构建的静态库是可行的，因为它不需要任何系统帮助。每次构建库都需要更长的时间。

我正在为类似的问题而斗争，c.f。我目前的解决方法是在编译时设置

rpath

。在你的情况下，这意味着：

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -L$(PKG_LDFLAGS) -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm -Wl,-rpath,$(PKG_LDFLAGS) 

但是，这并不能解决您的问题。比较这些错误消息，我发现了一个区别：在您的示例中，找不到库

libsundails\u cvode.3.dylib

，而在我的示例中，它是

@rpath/libaf.3.dylib

。这意味着您安装的库将自己标识为

libsundails\u cvode.3.dylib

。你可以跟我核对一下

$ otool -L /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib 
/usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib:
    /usr/local/opt/sundials/lib/libsundials_cvode.3.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.1.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1252.0.0)

在您的情况下，第二个输出行不应该包含绝对路径，而应该只包含库的basename。我的安装使用

brew

，它通常使用绝对路径作为库名称。在一些琐碎的测试中，我将R扩展与这些库链接起来没有问题

我认为有几种可能性：

• 从

  brew

  尝试日晷
• 使用调整已安装库中的库路径

  install_name_tool -id /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib
  

  install_name_tool -id '@rpath/libsundials_cvode.3.dylib' /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib
  

  使用绝对路径

• 使用调整已安装库中的库路径

  install_name_tool -id /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib
  

  install_name_tool -id '@rpath/libsundials_cvode.3.dylib' /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib
  

  并如上所述设置

  rpath

• 通过将此添加到

  Makevars

  all: $(SHLIB)
      @if command -v install_name_tool; then install_name_tool -change libsundials_cvode.3.dylib /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib $(SHLIB); fi
  

---

谢谢@Dirk的建议。在OSX上（之前应该提到过），没有

ldconfig

，但是有

sudo-update\u-dyld\u-shared\u-cache

。运行此命令

sudo update_dyld_shared_cache | grep sundials

会显示一条长消息，例如

update_dyld_shared_cache:warning@rpath system framework的安装名称：/System/Library/PrivateFrameworks/AssetCacheStensions.framework/Versions/A/XPCServices/AssetCacheTheratorService.xpc/Contents/Frameworks/MobileDeviceLite.framework/Versions/A/MobileDeviceLite

。但是，如果静态与动态不那么重要，我现在不会做任何更改。我的下一个挑战是捆绑软件包，这样就没有在系统上安装库的先决条件（因为在Windows上安装日晷并不是那么简单）。谢谢你的回答。拉尔夫-谢谢你的回答。我尝试了你的方法（用

-rpath

而不是

rpath

做了一些细微的改变）。我收到以下消息（见下文）。任何建议都欢迎<代码>错误：dyn.load（文件，DLLpath=DLLpath，…）中的“Rcppsbmod”的包或命名空间加载失败：无法加载共享对象“/Library/Frameworks/R.framework/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so”：dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/libs/Rcppsbmod.so，6）：库未加载：libsundials\u cvode.3.dylib引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so原因：找不到图像错误：加载失败libsundals_cvode.3.1.0.dylib libsundals_cvode.3.dylib libsundals_cvodes.a libsundals_cvodes.2.0.0.dylib libsundals_cvodes.2.dylib libsundals_cvodes.3.1.0.dylib libsundals_cvodes.3.dylibsundals_cvodes.a libsundals_cvodes.dylib@SN248您是如何安装Sundals库和安装Sundals的我认为Linux没有那么难。我特别想到的是Windows。无论如何，我希望用户能够使用这个软件包，即使他们没有安装日晷。我已经看到了这一点（nloptr、RCPPCAF），并将尝试复制那里正在做的事情。谢谢