Sed grep-f forEXACT模式

我想从其他较大的文件输入中提取名称列表，其中包含该名称以及与该名称相关的一些附加信息。我的问题是grep-f选项，因为它不匹配输入文件中的确切条目，而是匹配一些包含类似名称的其他条目

我试过：

$ grep -f list.txt -A 1 input >output

以下是文件的格式

list.txt

TE_final_35005
TE_final_1040

输入文件

>TE_final_10401
ACGTACGTACGTACGT
>TE_final_35005 
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

所需输出：

>TE_final_35005 
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

我得到的输出：

>TE_final_10401
ACGTACGTACGTACGT
>TE_final_35005 
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

虽然TE_final_10401不在list.txt中

如何在列表中使用^

请帮助匹配精确值或建议其他方法。

添加整个单词switch-w:

输出：

>TE_final_35005 
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

添加整个单词开关-w:

输出：

>TE_final_35005 
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

---

有几件事，首先从文件中删除空白行：

sed  -i '/^\s*$/d' file list

然后，-w仅用于匹配整个单词，-A1将在匹配后打印下一行：

$ grep -w -A1 -f list file > new_file

$ cat new_file
>TE_final_35005
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

---

有几件事，首先从文件中删除空白行：

sed  -i '/^\s*$/d' file list

然后，-w仅用于匹配整个单词，-A1将在匹配后打印下一行：

$ grep -w -A1 -f list file > new_file

$ cat new_file
>TE_final_35005
ACGTACGATCAGT
>TE_final_1040
ACGTACGTACGT

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正如其他人提到的，根据示例数据添加-w标志是最干净、最简单的方法。但是，由于您明确询问如何在list.txt中使用^

要向list.txt中的每一行添加^and/或$anchors，请执行以下操作：

这将在行首搜索模式，前面有一个>字符，并忽略任何尾随空格。然后，假设删除这些空行或将参数更改为-a2，则上一个命令将起作用

如果要自动将这些定位点添加到列表文件，同时删除任何空行，请使用此awk构造：

awk '{if($0 != ""){print "^>"$0"[ ]*$"}}' list.txt >newlist.txt

或者，如果您更喜欢sed就地编辑：

sed -i '/^[ ]*$/d;s/\(.*\)/^>\1[ ]*$/g' list.txt

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正如其他人提到的，根据示例数据添加-w标志是最干净、最简单的方法。但是，由于您明确询问如何在list.txt中使用^

要向list.txt中的每一行添加^and/或$anchors，请执行以下操作：

这将在行首搜索模式，前面有一个>字符，并忽略任何尾随空格。然后，假设删除这些空行或将参数更改为-a2，则上一个命令将起作用

如果要自动将这些定位点添加到列表文件，同时删除任何空行，请使用此awk构造：

awk '{if($0 != ""){print "^>"$0"[ ]*$"}}' list.txt >newlist.txt

或者，如果您更喜欢sed就地编辑：

sed -i '/^[ ]*$/d;s/\(.*\)/^>\1[ ]*$/g' list.txt

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@Thor我不确定行与行之间的空格是有意还是无意？@sudo_O：格式看起来非常类似，通常不是双倍行距。@Thor我不确定行与行之间的空格是有意还是无意？@sudo_O：格式看起来非常类似，通常不是双倍行距。