使用sed-cammand替换Fastq文件头中的模式

使用sed-cammand替换Fastq文件头中的模式,sed,fastq,Sed,Fastq,我有一个fastq文件,我需要根据trinity的需要编辑它的头文件。我的标题如下: @SRR1561197.1.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2115:2122length=102 @SRR1561197.2.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2202:2120length=102 @SRR1561197.3.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2319:2125length=102 @SR

我有一个fastq文件,我需要根据trinity的需要编辑它的头文件。我的标题如下:

  • @SRR1561197.1.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2115:2122length=102
  • @SRR1561197.2.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2202:2120length=102
  • @SRR1561197.3.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2319:2125length=102
  • @SRR1561197.4.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2510:2121length=102
  • 在上述标题中,粗体文本随着每个标题不断变化,其他文本保持不变。 现在,我希望所有标题都可以一次性替换为一个模式,该模式将生成以下标题:

    @MexD1SRR1561197.1/1
    @MexD1SRR1561197.2/1 
    @MexD1SRR1561197.3/1
    @MexD1SRR1561197.4/1
    
    我使用了以下命令,但它没有改变任何东西:

    sed 's/ HWI.*/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq
    
    sed 's/ HWI.+/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq
    

    请帮助任何人?

    我想这就是你想要的:

    sed 's|^@|@MexD1|;  s| HWI.*|/1|g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq
    

    请注意,
    HWT
    已更改为
    HWI

    我试图使我的标题如下所示:@SRR1561197.1/1@SRR1561197.2/1@SRR1561197.3/1@SRR1561197.4/1@SafinaA.R您是否可以使用stackoverflow格式的全部功能,修改您的问题以显示输入文件头的外观?按照目前的格式,我不清楚(a)每个文件中有多少标题行,以及(b)换行符在哪里。我有一个包含22680个序列的Fastq文件。标题看起来与问题中提到的一样..sed's/HWI.*/\/1/g'SRR1561197_1.fastq更改了我的标题,但如何添加额外的字母?有人能帮我更换标题吗:
    @SRR4032388.1.2/2
    @SRR4032388.2.2/2
    @SRR4032388.3.2/2
    @SRR4032388.4.2/code>我想像这样更改它这:
    @SRR4032388.1/2
    @SRR4032388.2/2
    @SRR4032388.3/2
    @SRR4032388.4/2