在shell if命令中将数字与变量进行比较

我有一个存储为的变量

upstream_introngap=$(awk '$3==$start-1 && $4 ~/$geneid/' File | awk '{print $3-$2}') 

并在代码中使用它作为

if [ "$upstream_introngap" -lt "100" ] ; then
    condition

然而，我得到了一个错误

[: : integer expression expected

我正在尝试不同的组合，但我无法获得正确的比较表达式，这里的问题是要比较的变量还是表达式/数字？ 比如说

grep -w ENSG00000007237:I2 File
chr17   9964697 10017758    ENSG00000007237:I2  -
awk '$3==10017758 && $4 ~ /ENSG00000007237/' File | awk '{print $3-$2}' for 
53061

上一行 我想比较一下这个数字（53061），看看它是否小于100

start=10017759
geneid=ENSG00000007237
upstream_introngap=$(awk -v s="$start" -v id="$geneid" '$3==s-1 && $4~id {print $3-$2; exit}' File)
if [ "$upstream_introngap" -lt "100" ]; then
    echo less than
else
    echo greater or equal
fi

将此作为示例文件：

$ cat File
chr17   9964697 10017758    ENSG00000007237:I2  -

该脚本生成以下输出：

$ bash script
greater or equal

注:

start

和

geneid

是shell变量。选项

-vs=“$start”

和

-v id=“$geneid”

将这些shell变量分配给awk变量

不需要两个awk命令。单个命令可以选择直线并执行减法

如果第四个字段与

id

匹配，则表达式

$4~id

为真。在此上下文中，

id

被视为正则表达式。如果

id

包含任何正则表达式活动字符，例如

（）*+[]

，则结果可能不是您期望的结果

---

在运行此代码之前，请使用

set-x

，查看它运行的实际比较结果。很可能变量的值不是您所想的。显示您的示例输入并澄清您试图执行的操作，因为可能有更好的方法。@CharlesDuffy awk代码包含

$start

和

$geneid

，但在awk代码中既没有定义

start

也没有定义

geneid

。这可能意味着OP希望shell能够替代这些变量，但不会，因为awk代码是单引号。不管他期望awk代码做什么，我觉得它不太可能做到。啊——是的，这是可靠的推理。可能是类似于

awk-v start=“$start”-v geneid=“$geneid””$3==（start-1）和&$4~geneid{print$3-$2}'

，或类似的东西。@AishwaryaKulkarni，您的第一行代码在单引号中使用了

$start

和

$geneid

，因此，在

awk

启动之前，它们实际上不会被shell替换为实际值。因此，即使

start=10017759

和

geneid=ensg0000007237

，您也不会在

awk'$3==start-1&&$4~/$geneid/'

和

awk'$3==10017758&$4~/ensg0000007237/'之间获得相同的行为。这就是我对上述awk代码提出的修改的目的。