Tabs 如何对涉及制表符的行进行grep？_Tabs_Grep

Tabs 如何对涉及制表符的行进行grep？

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Tabs 如何对涉及制表符的行进行grep？,tabs,grep,Tabs,Grep,我在玩“grep”时遇到了一些问题；可能是关于支付账单。我有两个文件，如下所示，都是以制表符分隔的 FM_DEL_50r.bed chr1 3392391 3658426 DEL chr1 3392364 3658425 DEL chr1 4011952 4392064 DEL chr1 4011953 4392062 DEL chr1 4468526 4665322 DEL chr1 4468523 4665322 DEL FC_DEL_50r.bed

我在玩“grep”时遇到了一些问题；可能是关于支付账单。我有两个文件，如下所示，都是以制表符分隔的

FM_DEL_50r.bed
chr1    3392391 3658426 DEL chr1    3392364 3658425 DEL
chr1    4011952 4392064 DEL chr1    4011953 4392062 DEL
chr1    4468526 4665322 DEL chr1    4468523 4665322 DEL

FC_DEL_50r.bed
chr1    2612264 2613324 DEL chr1    2612205 2613007 DEL
chr1    3392391 3658426 DEL chr1    3392391 3658426 DEL
chr1    4011952 4392064 DEL chr1    4011953 4392060 DEL

我希望grep两个文件中出现的一些行：

cat FC_DEL_50r.bed |grep `cat FM_DEL_50r.bed |head -2|tail -1|awk '{print $2"\t"$3}'`

但是有一个错误：

grep: 4392064: No such file or directory

我试过

cat FM_DEL_50r.bed | head-2 | tail-1 | awk'{print$2'\t'$3}

，它实际工作并输出

4011952 4392064

所以也许我们不能像“number”\t“number”这样的grep格式？ thx

编辑：我真傻。我应该用双引号……（我第一次用单引号，但没有用…）

后续问题：基于上述问题，我编写了一个bash脚本：

#!/bin/bash
for((c=1;c<=542;c++))
do
    LINE=`head -$c FM_DEL_50r.bed|tail -1`
        P1=`cat $LINE|awk '{print $1"\\t"$2"\\t"$3}'`
        GREP1=`cat FC_DEL_50r.bed |grep "$P1"`
        X1=`cat $GREP1 |awk '{print $5"\\t"$6"\\t"$7}'`

        P2=`cat $LINE|awk '{print $5"\\t"$6"\\t"$7}'`
        GREP2=`cat MC_DEL_50r.bed |grep "$P2"`
        X2=`cat $GREP2 |awk '{print $5"\\t"$6"\\t"$7}'`

        if [ $X1 -eq $X2 ]
        then 
           echo "$LINE"\t"$X1"
        fi
done

似乎它将一行中的所有列拆分，并且无法识别它们。这次有什么问题？ thx

grep语法1-o-1

grep[options]模式[文件…]

这意味着grep模式显示为文件[file…]中的模式

模式txt不能有空格或制表符（除非有引号），因为它将作为grep命令的参数进行计算

cat FC_DEL_50r.bed|grep 4011952 4392064

第二部分（管道之后）基本上是在4392064中请求grep4011952（模式）（需要是一个文件）

要解决此问题，请在第二个表达式周围添加双引号，如下所示：

cat FC_DEL_50r.bed | grep”

cat FM_DEL_50r.bed | head-2 | tail-1 | awk'{print$2”\t“$3}'

“

+1获取问题中提供的所有详细信息。

grep语法1-o-1

grep[options]模式[文件…]

这意味着grep模式显示为文件[file…]中的模式

模式txt不能有空格或制表符（除非有引号），因为它将作为grep命令的参数进行计算

cat FC_DEL_50r.bed|grep 4011952 4392064

第二部分（管道之后）基本上是在4392064中请求grep4011952（模式）（需要是一个文件）

要解决此问题，请在第二个表达式周围添加双引号，如下所示：

cat FC_DEL_50r.bed | grep”

cat FM_DEL_50r.bed | head-2 | tail-1 | awk'{print$2”\t“$3}'

“

+1获取问题中提供的所有详细信息。

错误是由于反勾号引起的。反勾号将

awk

输出拼接到

grep

参数列表中。因此，实际上您正在执行以下操作：

cat FC_DEL_50r.bed |grep 4011952 4392064

当然，

grep

将

作为正则表达式，将

作为文件名，但找不到后者

使用您现在在参数列表周围添加的双引号，您将获得：

cat FC_DEL_50r.bed |grep "4011952 4392064"

如果你希望的是：

cat FC_DEL_50r.bed |grep "4011952\t4392064"

困难在于

\t

被

awk

解释为转义序列。要从

awk

发出文本

，您需要转义它：

{print $2"\\t"$3}

错误是由于反勾号而发生的。反勾号将

awk