Tree MrBayes外群

我正在使用MrBayes构建一个系统发育树，我想知道如何将同一物种的多个序列指定为“外群”。我只能选择一个序列作为outgroup，这就形成了一个奇怪的树。

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谢谢。

如果允许Bayes先生自由推断树的拓扑结构，您无法保证您认为构成外类群的物种将被分组在一起。我想这就是为什么选择几个物种作为外类群是没有意义的

但是，可以强制实施拓扑约束：请参见本手册第4.4节：

你可以试着强迫你假定的内群形成一个分支。假设您的外组物种为O1、O2和O3，而您的内组物种为I1、I2、I3、I4和I5，您可以尝试以下方法：

constraint ingroup = I1 I2 I3 I4 I5;
prset topologypr=constraints(ingroup);

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在大多数配置下，MrBayes生成无根树，这些树仅在外组上“扎根”以便显示。除非您的模型指定了根的位置并对该点具有重要意义，否则在外部软件中打印树时，在选定的多叶组上重新根树是有效的。在R中，您可以使用

（树，c（'tip1'，'tip2'））