Workflow 子工作流和includes指令之间的实际区别是什么？[毒蛇]

在Snakemake文档中，可以将另一个工作流的所有规则合并到主工作流中，显然可以在

Snakemake--dag-n | dot-Tsvg>dag.svg

中显示，另一方面，如果您开发依赖于其输出的规则，则可以在主工作流之前执行

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我的问题是：这两者到底有什么不同？现在，我正在处理一个工作流，似乎只需使用

includes

并将输出的名称放入主工作流的

rule all

中即可。我甚至可以将输出放在主工作流规则的

输入

中，使

包含

工作流在该规则之前执行。此外，无论出于何种原因，我无法将包含子工作流的DAG可视化。子工作流提供了哪些

include

指令无法提供的功能？

我从未使用过子工作流，但在这里，使用它们可能比使用

include

指令更方便。（理论上，我认为您不需要

包含
和
子工作流
，因为您可以将所有内容都写在一个庞大的蛇形文件中，重点在于方便。）

假设您正在编写一个工作流，该工作流依赖于已发布作品（或您以前的项目）的结果文件。作者没有公开您需要的文件，但他们提供了一个蛇形工作流来生成这些文件。他们的snakemake工作流可能非常复杂，您需要的文件可能只是中间步骤。所以，您不用理解所有工作流并将其解析为自己的
include
指令，而是使用
子工作流
生成所需的文件。例如：

include
不“合并其他工作流”。它只是从另一个文件中添加规则，就像使用“复制/粘贴”添加规则一样（有一个细微的区别，即
include
不会影响目标规则）。
子工作流
具有一组独立的规则，这些规则共同工作以生成此子工作流的最终目标文件。因此，它结构良好，与主工作流和其他子工作流都是隔离的

无论如何，我的个人经验表明Snakemake中有一些bug使得使用子工作流非常困难。包含该文件非常简单明了

subworkflow jones_etal:
    workdir:
        "./jones_etal"
    snakefile:
        "./jones_etal/Snakefile"

rule all:
    input:
        'my_results.txt',

rule one:
    input:
        jones_etal('from_jones.txt'),
    output:
        'my_results.txt',
    ...