Xml R中的XPath：选择值

我有一个XML文件，如下所示：

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd">
<!-- Creation date: Sep 1, 2014 12:00:13 +0900 (GMT+09:00) -->
<pathway name="path:hsa04010" org="hsa" number="04010"
         title="MAPK signaling pathway"
         image="http://www.kegg.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.png"
         link="http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04010">
    <entry id="1" name="cpd:C00338" type="compound"
        link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?C00338">
        <graphics name="C00338" fgcolor="#000000" bgcolor="#FFFFFF"
             type="circle" x="138" y="743" width="8" height="8"/>
    </entry>
    <entry id="2" name="hsa:5923 hsa:5924" type="gene"
        link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:5923+hsa:5924">
        <graphics name="RASGRF1, CDC25, CDC25L, GNRP, GRF1, GRF55, H-GRF55, PP13187, ras-GRF1..." fgcolor="#000000" bgcolor="#BFFFBF"
             type="rectangle" x="392" y="236" width="46" height="17"/>
    <relation entry1="47" entry2="40" type="PPrel">
        <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
    </relation>
    <relation entry1="46" entry2="40" type="PPrel">
        <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
    </relation>
    <relation entry1="45" entry2="40" type="PPrel">
        <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
    </relation>

。。。这是正确的，但我不知道如何获取两个单独的值（第二种情况下都是），并将它们存储在某个地方。我试过了

getNodeSet(root, '/pathway/entry[@type="gene"]/@id')

。。。但这只会给我一个错误：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
      unable to find an inherited method for function ‘saveXML’ for signature ‘"XMLAttributeValue"’

即使它能工作，我也只会得到

id

属性，而不是

name

，这是我想要的。但鉴于我似乎无法获得哪怕是一个属性值，那么

你可以试试

lapply(data['/pathway/entry[@type="gene"]/@id | /pathway/entry[@type="gene"]/*//@name'], as, "character")
# [[1]]
# [1] "2"
# 
# [[2]]
# [1] "RASGRF1, CDC25, CDC25L, GNRP, GRF1, GRF55, H-GRF55, PP13187, ras-GRF1..."
# 
# [[3]]
# [1] "activation"
# 
# [[4]]
# [1] "activation"
# 
# [[5]]
# [1] "activation"

及

编辑：

数据

是

data <-  xmlParse('<?xml version="1.0"?>
  <!DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd">
  <!-- Creation date: Sep 1, 2014 12:00:13 +0900 (GMT+09:00) -->
  <pathway name="path:hsa04010" org="hsa" number="04010"
title="MAPK signaling pathway"
image="http://www.kegg.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.png"
link="http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04010">
  <entry id="1" name="cpd:C00338" type="compound"
link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?C00338">
  <graphics name="C00338" fgcolor="#000000" bgcolor="#FFFFFF"
type="circle" x="138" y="743" width="8" height="8"/>
  </entry>
  <entry id="2" name="hsa:5923 hsa:5924" type="gene"
link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:5923+hsa:5924">
  <graphics name="RASGRF1, CDC25, CDC25L, GNRP, GRF1, GRF55, H-GRF55, PP13187, ras-GRF1..." fgcolor="#000000" bgcolor="#BFFFBF"
type="rectangle" x="392" y="236" width="46" height="17"/>
  <relation entry1="47" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
  <relation entry1="46" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
  <relation entry1="45" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
</entry>
</pathway>', asText = TRUE)

---

data包中有一个KGML解析器可能会有所帮助。请查看小插曲以了解详细信息

library(KEGGgraph)
url <- "http://rest.kegg.jp/get/hsa04010/kgml"
x <- parseKGML(url)

库（KEGGgraph）
url我似乎没有得到相同的结果<代码>>lapply（数据['/pathway/entry[@type=“gene”]/@id |/pathway/entry[@type=“gene”]/*/@name']，如，…[截断]；$；字符（0）
是我在第一种情况下得到的，而对于
xpathapplic（root，/pathway/entry[@type=“gene”]///relations'，xmlAttrs），则是
list（）
…我做错了什么吗？我只是从你的帖子中复制粘贴了它。嗯，但我写了
xpathApply（数据，'/pathway/entry[@type=“gene”]//relation'，xmlAttrs）
而不是
xpathApply（root，'/pathway/entry[@type=“gene”]//relation'，xmlAttrs）
：->无论如何，我添加了我使用的变量
data
。啊，好的，这与我如何读取文件有关！我有
data=xmlTreeParse（“~/Downloads/hsa04010.xml”）
，我应该如何更改它来处理您的代码？我假设我使用
xmlParse
和
asText=TRUE
而不是
xmlTreeParse
，但是给出我的文件路径只会给我
似乎不是xml
。
xmlParse
就像
xmlTreeParse（…，useInternalNodes=TRUE）
。我将
添加到您的示例中，以便能够读取xml。
数据=xmlParse（'~/Downloads/hsa04010.xml'，useInternalNodes=TRUE）
不起作用？这就是我现在拥有的：
数据=xmlParse（'~/Downloads/hsa04010.xml'，useInternalNodes=TRUE）
；
xpathApply（数据，/path/entry[@type=“gene”]//关系，xmlAttrs）
，从中我得到了某种结果，
list（）
，我不知道为什么会这样=/非常感谢，您使用XPath查询的第二种方法奏效了！keggraph包看起来不错，但我更喜欢学习通用的XML解决方案，
xmlatrstodataframe
效果很好！
data <-  xmlParse('<?xml version="1.0"?>
  <!DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd">
  <!-- Creation date: Sep 1, 2014 12:00:13 +0900 (GMT+09:00) -->
  <pathway name="path:hsa04010" org="hsa" number="04010"
title="MAPK signaling pathway"
image="http://www.kegg.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.png"
link="http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04010">
  <entry id="1" name="cpd:C00338" type="compound"
link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?C00338">
  <graphics name="C00338" fgcolor="#000000" bgcolor="#FFFFFF"
type="circle" x="138" y="743" width="8" height="8"/>
  </entry>
  <entry id="2" name="hsa:5923 hsa:5924" type="gene"
link="http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:5923+hsa:5924">
  <graphics name="RASGRF1, CDC25, CDC25L, GNRP, GRF1, GRF55, H-GRF55, PP13187, ras-GRF1..." fgcolor="#000000" bgcolor="#BFFFBF"
type="rectangle" x="392" y="236" width="46" height="17"/>
  <relation entry1="47" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
  <relation entry1="46" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
  <relation entry1="45" entry2="40" type="PPrel">
  <subtype name="activation" value="--&gt;"/>
  </relation>
</entry>
</pathway>', asText = TRUE)

library(KEGGgraph)
url <- "http://rest.kegg.jp/get/hsa04010/kgml"
x <- parseKGML(url)

doc <- xmlParse(url)
genes <- XML:::xmlAttrsToDataFrame(doc["//entry[@type='gene']"])

relations <- XML:::xmlAttrsToDataFrame(doc["//relation"])
relations
    entry1 entry2  type
1       47     40 PPrel
2       46     40 PPrel
3       45     40 PPrel
4       44     39 PPrel
5       43     38 PPrel
...