使用awk将标题添加到行
我有一个以下格式的文件:使用awk将标题添加到行,awk,fasta,Awk,Fasta,我有一个以下格式的文件: AACCCGTAGATCCGAACTTGTG ACCCGTAGATCCGAACTTGTG CCGTAGATCCGAACTTGTG CGTAGATCCGAACTTGT 我想使用awk为每一行提供一个标题,其中标题等于下面的行,如下所示: >AACCCGTAGATCCGAACTTGTG AACCCGTAGATCCGAACTTGTG >ACCCGTAGATCCGAACTTGTG ACCCGTAGATCCGAACTTGTG >CCGTAGATCCGAACTT
AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
CCGTAGATCCGAACTTGTG
CGTAGATCCGAACTTGT
我想使用awk为每一行提供一个标题,其中标题等于下面的行,如下所示:
>AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>CCGTAGATCCGAACTTGTG
CCGTAGATCCGAACTTGTG
>CGTAGATCCGAACTTGT
CGTAGATCCGAACTTGT
-v标志允许您设置变量。然后,对于文件中的每一行,打印该变量,后跟该行,然后再打印该行本身
awk -v c=">" '{ print c $0; print $0; }' <file>
awk-v c=“>”{print c$0;print$0;}
使用-v标志可以设置变量。然后,对于文件中的每一行,打印该变量,后跟该行,然后再打印该行本身
awk -v c=">" '{ print c $0; print $0; }' <file>
awk-v c=“>”{print c$0;print$0;}
简单地说:
$ awk '{print ">"$0;print}' file
>AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>CCGTAGATCCGAACTTGTG
CCGTAGATCCGAACTTGTG
>CGTAGATCCGAACTTGT
CGTAGATCCGAACTTGT
或:
简单地说:
$ awk '{print ">"$0;print}' file
>AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
ACCCGTAGATCCGAACTTGTG
>CCGTAGATCCGAACTTGTG
CCGTAGATCCGAACTTGTG
>CGTAGATCCGAACTTGT
CGTAGATCCGAACTTGT
或:
啊,谢谢我,因为某种原因,我对大于号有问题。@chooban另一件事要记住的是,输入中可能有空格(即使示例中没有空格),因此使用
$0
而不是$1
,可能更安全。按1移出,用符号隐藏!我需要更多的咖啡!:)啊,谢谢我,因为某种原因,我对大于号有问题。@chooban另一件事要记住的是,输入中可能有空格(即使示例中没有空格),因此使用$0
而不是$1
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