awk计算列中的行数（读取数）

我有一个文件，在该文件中，我在最后几列中读取了与基因相关的数据

chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:21577:2860    44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:12188:3487    44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:9524:3758 44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:7243:4130 44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:20035:10131   44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:14291:16898   44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11101:10796:17822   44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11102:17796:2683    44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11103:22603:1930    44  +
chr7    2457938 2457981 Naca    +   chr7    2457938 2457981 NS500455:81:HTVKJBGXC:1:11103:2286:7789 44  +

chr7 2457938 2457981 Naca+chr7 2457938 2457981 44+读取次数

6-8列出现的次数。在这个例子中，它们会出现10次。我想把这个单独列出来

我试着用awk

awk'来做这个！看到[$5]++'|awk'{a[$12]=1；}END{for（k in a）n++；print n；}'

但它不起作用。 有人能帮忙吗。 当做

---

Amit.

对于您展示的样品，请尝试以下内容。用GNU

awk

编写和测试

awk '
FNR==NR{
  arr[$1]++
  next
}
($1 in arr){
  print $0,arr[$1]
  delete arr[$1]
}
' Input_file Input_file

---

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第二种解决方案：如果您的样本是按第一列排序的，请尝试以下方法：

awk '
prev!=$1 && prev{
  print prevLine,count
}
{
  prev=$1
  prevLine=$0
}
END{
  if(prev){
    print prevLine,count
  }
}
'  Input_file

---

注意：如果记录未按第1列排序，则对输入文件使用

sort

命令，并将其输出也传递给第2个解决方案。

输出的逻辑是什么？除了上面Raman提出的问题外，我只想问一下您正在使用的

awk'！已看到[$5]+'

命令，这是否意味着要删除第5列上的重复项？请再次确认，因为如果是这种情况，您显示的样本应该更清楚，谢谢。@RavinderSingh13输出的逻辑是计算12-15列与每个基因相关联的次数。@RavinderSingh13如何显示1个基因的n个读取数（12-15）列是相关联的。我还在学awk。请引导我。