Awk 根据bash中的另一个文件删除文件的特定部分

如果

文件1

和

文件2

中存在

后的文本，我正在寻找一个bash命令来删除部分文本

这里有一个例子

File1:

CUI02270
CUI02272
CUI02271
CUI02290
CUI02289
CUI022799


File2:

>CUI02270 |hypothetical protein pCPXV0248[Cowpox virus]
MGTVFVPYLLVKLALRVLVISNGYCHVPLKYIVLMIAHRVLLSSIVESTTLDIPDLRSTM
ELILLTASRLKFNLYRPNL
>CUI02271 |CPXV043 protein[Cowpox virus]
MLAFCYSLPNVGDVLKGKVYENGYALYIDLFDYPHSEAILAESVQMHMNRYFKYRDKLVG
KTVKVKVIRVDYTKGYIDVNYKRMCKHQ
>CUI02272 |hypothetical protein pCPXV0245[Cowpox virus]
MFTHPFVIDIYISFCIINSNHFNFYSFPYQFIPIFKISIHMHLNTLCQDSFRVRIVKKIN
V
>CUI02273 |CPXV044 protein[Cowpox virus]
MNPDNTIAVITETIPIGMQFDKVYLSTFNVWREILSNTTKTLDISSFYWSLLDEVGTNFG
TTILNEIVQLPKRGVRVRVAVNKSNKPLKDVETLQMAGVEVRYIDITNILGGVLHTKFWI
SDNTHIYLGSANMDWRSLTQVKELGIAIFNNRNLAADLTQIFEVYWYLGVNNLPYNWKNF
YPAYYNTDHPLSMNVSGVPHSVFIASAPQQLCTMERTNDLTALLSCIGNASKFVYVSVMN
FIPIIYSKAGNILFWPYIEDELRRTAIDRKVSVKLLISCWQRSSFIMRNFLRSIAMLKSK
NIDIEVKLFIVPDTDPPIPYSRVNHAKYMVTDKTAYIGTSNWTGNYFTDTCGTSINITPD
DGLGLRQQLEDIFMRDWNSKYSYELYDTSPTKRCRLLKNMKQCTNDIYSDEIQPEKEIPE
YSLE
>CUI02274 |CPXV045 protein[Cowpox virus]
MSANCMFNLDNDYIYCKYWKPITYPKALVFISHGAGEHSGRYDELAENISSLGILVFSHD
HIGHGRSNGEKMMIDDFGTYVRDVVQHVVTIKSTYPGVPVFLLGHSMGATISILAAYENP
NLFTAMILMSPLVNAEAVPRLNLLAAKLMGAITPNAPVGKLCPESVSRDMDEVYKYQYDP
LVNHEKIKAGFASQVLKATNKVRKIIPKINTPSLILQGTNNEISDVSGAYYFMQHANCNR
EIKIYEGAKHHLHKETDEVKKSVMKEIETWIFNRVK
>CUI022799 |CPXV046 protein[Cowpox virus]
MATKSDYEDAVFYFVDDDEICSRDSIIDLIDEYITWRNHVIVFNKDITSCGRLYKELMKF
DDAAIRYYGIDKINEIVEAMSEGDHYINLTEVHDQESLFATIGICAKITEHWGYKKISES
RFQSLGNITDLMTDDNINILILFLEKKLN
>CUI02276 |hypothetical protein pCPXV0240[Cowpox virus]
MDFCKIDVVVSFAHSLDNLINFINTIVPYSSIIELHQFLVESSTTGNIFVKHYNMISPRD
IFIY

我应该有一个新的
文件3
，例如：

>CUI02273 |CPXV044 protein[Cowpox virus]
MNPDNTIAVITETIPIGMQFDKVYLSTFNVWREILSNTTKTLDISSFYWSLLDEVGTNFG
TTILNEIVQLPKRGVRVRVAVNKSNKPLKDVETLQMAGVEVRYIDITNILGGVLHTKFWI
SDNTHIYLGSANMDWRSLTQVKELGIAIFNNRNLAADLTQIFEVYWYLGVNNLPYNWKNF
YPAYYNTDHPLSMNVSGVPHSVFIASAPQQLCTMERTNDLTALLSCIGNASKFVYVSVMN
FIPIIYSKAGNILFWPYIEDELRRTAIDRKVSVKLLISCWQRSSFIMRNFLRSIAMLKSK
NIDIEVKLFIVPDTDPPIPYSRVNHAKYMVTDKTAYIGTSNWTGNYFTDTCGTSINITPD
DGLGLRQQLEDIFMRDWNSKYSYELYDTSPTKRCRLLKNMKQCTNDIYSDEIQPEKEIPE
YSLE
>CUI02274 |CPXV045 protein[Cowpox virus]
MSANCMFNLDNDYIYCKYWKPITYPKALVFISHGAGEHSGRYDELAENISSLGILVFSHD
HIGHGRSNGEKMMIDDFGTYVRDVVQHVVTIKSTYPGVPVFLLGHSMGATISILAAYENP
NLFTAMILMSPLVNAEAVPRLNLLAAKLMGAITPNAPVGKLCPESVSRDMDEVYKYQYDP
LVNHEKIKAGFASQVLKATNKVRKIIPKINTPSLILQGTNNEISDVSGAYYFMQHANCNR
EIKIYEGAKHHLHKETDEVKKSVMKEIETWIFNRVK
>CUI02276 |hypothetical protein pCPXV0240[Cowpox virus]
MDFCKIDVVVSFAHSLDNLINFINTIVPYSSIIELHQFLVESSTTGNIFVKHYNMISPRD
IFIY

在哪里

CUI02270；CUI02272；CUI02271；CUI022799
已被删除，因为
文件1和2中都存在where

有人有主意吗

谢谢你的帮助
 您正在处理FASTA文件，您可以使用awk轻松处理这些文件：

$ awk '(NR==FNR){list[$1];next}
       /^>/{key=$0;sub(/^> */,"",key);sub(/ *[|].*$/,"",key);f=1}
       (key in list) {f=0}
       f' file1 file2

其工作方式如下：

（NR==FNR）{list[$1]；next}
：如果我们读取第一个文件（
NR==FNR
），将条目存储在
列表中并移动到下一条记录

/^>/{key=$0；sub（/^>*/，”，key）；sub（/*[|].$/，”，key）；f=1}
：如果遇到序列名，请提取位于
和第一个
之间的密钥。用
sub
删除所有不相关的部分，并将标志
f
初始化为
1
。此标志指示是否要打印序列
检查键为
的序列是否在
列表中。如果是，请将标志
f
设置为
0
，因为我们不想打印

f
：如果
f==1，这将打印该行

对不起，这不是StackOverflow的工作方式。形式为“我想做X，请给我提示和/或示例代码”的问题被认为是离题的。请访问并阅读，特别是阅读