Awk 仅在下一列中更改与另一个模式匹配的模式

这是我的文件的标题：

1 HAVANA gene 11869 14409 . + . gene_name "DDX11L1" remap_original_location "chr1:+:11869-14409"
1 HAVANA gene 118569 148409 . + . gene_name "ORF21" remap_original_location "chr1:+:118569-148409" clinSig 0.59
1 HAVANA transcript 118568 148419 . + . remap_original_location "chr1:+:118568-148419" clinSig 0.02 M .
MT HAVANA gene 226 399 . + . remap_original_location "chrM:+:226-399" * + 3
MT HAVANA * 27 . -

我想将与此内容完全相同的内容保存到另一个文件中，但只需删除chr模式，并在匹配remap_original_位置的列旁边的列中将M转换为MT模式

因此，我期望的输出是：

1 HAVANA gene 11869 14409 . + . gene_name "DDX11L1" remap_original_location "1:+:11869-14409"
1 HAVANA gene 118569 148409 . + . gene_name "ORF21" remap_original_location "1:+:118569-148409" clinSig 0.59
1 HAVANA transcript 118568 148419 . + . remap_original_location "1:+:118568-148419" clinSig 0.02 M .
MT HAVANA gene 226 399 . + . remap_original_location "MT:+:226-399" * + 3
MT HAVANA * 27 . -

你知道我怎样才能做到这一点吗

我正在尝试以下代码：

awk '{for(i=1;i<=NF;i++){ if($i=="remap_original_location"){print ??? }}}'

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但我不确定如何指定打印部分。此外，正如您所看到的，并非所有行都显示模式重新映射原始位置，但我仍然希望将它们打印出来。

对于您显示的示例，请尝试以下内容

awk '
{
  gsub(/chr/,"")
}
match($0,/remap_original_location "M:/){
  val=substr($0,RSTART,RLENGTH)
  sub(/"M:/,"\"MT:",val)
  $0=substr($0,1,RSTART-1) val substr($0,RSTART+RLENGTH)
}
1'  Input_file

或者根据Sundeep的评论，也可以尝试以下内容：

awk '{gsub(/chr/,""); sub(/remap_original_location "M/, "&T")} 1' Input_file

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有了你们展示的样品，你们能试一下下面的吗

awk '
{
  gsub(/chr/,"")
}
match($0,/remap_original_location "M:/){
  val=substr($0,RSTART,RLENGTH)
  sub(/"M:/,"\"MT:",val)
  $0=substr($0,1,RSTART-1) val substr($0,RSTART+RLENGTH)
}
1'  Input_file

或者根据Sundeep的评论，也可以尝试以下内容：

awk '{gsub(/chr/,""); sub(/remap_original_location "M/, "&T")} 1' Input_file

您可以使用此awk：

awk'{gsub/chr/，；对于i=1；i您可以使用此awk：

awk'{gsub/chr/，；对于i=1；使用perl时i：

perl-pe's/remap_original_location\KchrM？/$1？MT:/e'ip.txt 重新映射原始位置我假设这里的字段之间只有一个空格，并且下一个字段总是以字符开头。如果需要，可以调整正则表达式的其他变化 \K前面的部分不会是要替换的匹配文本的一部分 M？可选地匹配M字符 $1？MT：如果第一个捕获组不为空，则使用MT作为替换字符串，否则使用空字符串 空字符串在Perl中是错误的 在这种情况下，还可以使用$1&&MT代替三元表达式，因为Falsy值与所需的备用值相同 e标志有助于在替换部分使用Perl代码 使用perl：

perl-pe's/remap_original_location\KchrM？/$1？MT:/e'ip.txt 重新映射原始位置我假设这里的字段之间只有一个空格，并且下一个字段总是以字符开头。如果需要，可以调整正则表达式的其他变化 \K前面的部分不会是要替换的匹配文本的一部分 M？可选地匹配M字符 $1？MT：如果第一个捕获组不为空，则使用MT作为替换字符串，否则使用空字符串 空字符串在Perl中是错误的 在这种情况下，还可以使用$1&&MT代替三元表达式，因为Falsy值与所需的备用值相同 e标志有助于在替换部分使用Perl代码

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好主意，但您可以将其简化为awk'{gsub/chr/，；sub/remap_original_location M/，&T}1'@Sundeep，谢谢，将此解决方案添加为具有信用的替代方案，谢谢。好主意，但您可以将其简化为awk'{gsub/chr/，；sub/remap_original_location M/，&T}1'@Sundeep，谢谢，将此解决方案添加为具有信用的替代方案，谢谢。