lsf awk命令引号

当我在bash终端中运行此命令时，它会工作：

awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt

但当我运行这个：

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"

它不起作用。我也尝试过将“改为”，但也不起作用

我得到以下错误： 对于第一种情况：

awk: { sum +=  } END { print sum }
awk:           ^ syntax error

就我以前的案子而言

awk: '{
awk: ^ invalid char ''' in expression

你知道我把语法弄乱了吗？我很困惑

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谢谢

注意到

$1

在错误消息中是如何消失的吗

awk: { sum +=  } END { print sum }
awk:           ^ syntax error

这是因为在shell中，当您首先使用dbl引号引用某个内容时，正如您使用

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"

任何${var}引用都将扩展到其值。单引号在dbl引号字符串中时，失去了阻止变量扩展的魔力

如何修复、转义您的

$

s。不确定bsub是什么，但应该这样做：

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += \$1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"
# -------------^^^

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我很高兴成为你的第二双眼睛。祝你好运