Bash 在设置工作目录之前，如何为Slurm作业创建新目录？

我想为我运行的每个Slurm作业创建一个唯一的目录。但是，

mkdir

似乎会中断

SBATCH

命令。例如，当我尝试时：

#!/bin/bash

#SBATCH blah blah other Slurm commands
mkdir /path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
#SBATCH --chdir=/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID

touch test.txt

…Slurm执行会在

/path/to/my_dir\u$Slurm_JOB\u ID

处忠实地创建目录，但会跳过

--chdir

命令，并从调用批处理的工作目录执行sbatch脚本

是否有方法为作业的输出创建唯一目录，并在单个sbatch脚本中设置工作目录？

首先，

#sbatch

选项必须位于文件顶部，并引用

在任何可执行命令之前

因此，在这种情况下，

--chdir

是不受尊重的。问题的基本原理是，Slurm使用

#SBATCH

选项，尤其是

--chdir

来设置作业启动的环境。该环境必须在作业开始前确定，并且不能在作业开始后由Slurm修改

出于类似原因，环境变量不在

#SBATCH

选项中处理；Bash只是简单地忽略了它们，因为它们位于注释行中，而Slurm并不努力扩展它们本身

还要注意，

--chdir

用于

在执行批处理脚本之前，将其工作目录设置为directory

并且该目录必须存在。Slurm不会为您创建它

您需要做的是在脚本中调用

cd

命令

#!/bin/bash

#SBATCH blah blah other Slurm commands

WORKDIR=/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p "$WORKDIR" && cd "$WORKDIR" || exit -1 

touch test.txt

请注意

退出-1

，这样，如果目录创建失败，您的作业将停止，而不是在提交目录中继续

---

作为旁注，在脚本中添加

set-euo pipefail

行总是很有趣的。它确保您的脚本

调用

cd

在回顾时显得如此明显。谢谢对于我的代码，

pipefail

也是一个完美的补充，因为在分叉代码中获得适当的kill并不总是干净的。我希望我能再次投你赞成票。