Bash 通过命令行参数在脚本中设置PBS/Torque/qsub参数

我希望能够通过脚本轻松更改提交给

qsub

的

节点数

、

ppn

等。也就是说，我想做这样的事情：

qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2

使用如下脚本：

#/bin/bash
#PBS -N ${NAME}
#PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WALLTIME}
#PBS -q ${QUEUE}
#PBS -m ${MAILOPTS}
#PBS -M ${EMAIL}

/some/command ${ARG1}

因此，我希望能够传入参数，这些参数既可以更改PBS环境，也可以将一些参数传递到可执行文件本身

我已尝试使用

qsub

的

-v

参数：

qsub script.sh -v NAME=test_job,NODES=16,PPN=16,ARG1=2

qsub script.sh -l nodes=2:ppn=2,walltime=160:00:00 -v ARGS1=2

但是提交的作业的名称为

script.sh

和1

节点

，1

ppn

有什么解决方案吗？

在Torque中，当在命令行上指定匹配参数时，所有的#PBS参数都将被覆盖。例如，如果您的脚本具有：

#PBS-l节点=2

您可以提交：

qsub script.sh-l节点=4

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命令行将优先于脚本。文档中有许多命令行参数。

@dbeer的回答让我有了更多的见解。我的问题的解决办法如下：

#PBS

参数被命令行覆盖。在这种情况下，args到PBS和脚本本身必须分开。因此，与其尝试做以下事情：

#PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WALLTIME}

/some/command ${ARG1}

在脚本内部，像这样运行

qsub script.sh -v NODES=2,PPN=2,WALLTIME=160:00:00,ARG1=2

这些都可以通过参数设置为

qsub

本身：

qsub script.sh -l nodes=2:ppn=2,walltime=160:00:00

然后，需要传递到可执行文件的任何参数都可以通过

-v

参数传递到

qsub

：

qsub script.sh -v NAME=test_job,NODES=16,PPN=16,ARG1=2

qsub script.sh -l nodes=2:ppn=2,walltime=160:00:00 -v ARGS1=2