Bash 在服务器上调用R以从主机上的R会话中提取数据? 背景
我有一个在主机上运行的R脚本,可以在服务器上启动作业。作业输出大的hdf5文件 我其余的工作都是在主机上完成的。但是,R hdf5库只能在服务器上工作,而不能在主机上工作(因为存在已知的错误) 从主机上的R,我可以连接到服务器上的R会话,加载R hdf5库,从hdf5文件提取数据,然后将此对象传递给主机吗 当前方法 我目前的难题是从R中调用一个bash脚本,该脚本在服务器上调用一个R脚本并提取Rdata文件,然后使用rsync将其带回主机(都在Bash 在服务器上调用R以从主机上的R会话中提取数据? 背景,bash,r,hdf5,Bash,R,Hdf5,我有一个在主机上运行的R脚本,可以在服务器上启动作业。作业输出大的hdf5文件 我其余的工作都是在主机上完成的。但是,R hdf5库只能在服务器上工作,而不能在主机上工作(因为存在已知的错误) 从主机上的R,我可以连接到服务器上的R会话,加载R hdf5库,从hdf5文件提取数据,然后将此对象传递给主机吗 当前方法 我目前的难题是从R中调用一个bash脚本,该脚本在服务器上调用一个R脚本并提取Rdata文件,然后使用rsync将其带回主机(都在system()) 问题: 有没有更好的方法从服务器
system()
)
问题:
有没有更好的方法从服务器上的这些hdf5文件中提取数据
我正在考虑类似于进入服务器R会话的方式,就像调试时可以进入
浏览器会话一样。怎么样,或者主页上有一个用于在客户端和服务器之间传递数据的视频。HDF5绑定在其他语言中工作吗?如果是这样的话,也许可以使用Python中的h5py和rpy2包将数据发送到R@kwatford h5utils上。尽管R utils(对我来说)更容易使用,而且我更愿意不必重写代码,但它们确实可以工作。