Bash 在printf中添加循环

我正在使用一些大的脚本生成一些新的input.sh文件，这些文件由一系列命令组成，这些命令一步一步地作为一些程序的输入，这个程序叫做pmemd

在这里，我想重点介绍如何获得这个input.sh。使用printf，我有以下几点：

 printf "#setenv CUDA_VISIBLE_DEVICES "1"\nmpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i ../in/minim.in -o minim.out -p ./protein.parm7 -c  ./protein.inpcrd -r minim.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c  ./minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref ./minim.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c  equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c  equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c  equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c  equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt\npmemd.cuda -O -i ../in/md.in -o md_${P}_${com_n}.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_5.restrt -r md.restrt -x md.nc" > ./input.sh

这导致input.sh最终由

#setenv CUDA_VISIBLE_DEVICES 1
mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i ../in/minim.in -o minim.out -p ./protein.parm7 -c  ./protein.inpcrd -r minim.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c  ./minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref ./minim.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c  equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c  equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c  equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c  equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/md.in -o md_OR5P3_plus-carvone.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_5.restrt -r md.restrt -x md.nc

正如您所看到的，这种方法不是很舒服，因为当我需要添加对future input.sh的一些修改时，在初始脚本中编辑input.sh的containt并不容易。另外，正如您所注意到的，该文件由片段组成，我需要作为一些循环的结果获得该片段，因为它由几个步骤组成，如5_1、5_2等（在这里，下一步使用前一步作为输入）

因此，如果有人向我提供如何在这样的printf操作符或其替代方法中添加For或While循环的想法，我将不胜感激

谢谢你的帮助

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Gleb

这里有一个shell脚本，可以生成文章中的大部分行：

prev=minim
for i in '' $(seq 2 4); do
  cur=equil$i
  printf 'pmemd.cuda -O -i ../in/%s.in -o %s.out -p ./protein.parm7 -c %s.restrt -r %s.restrt -x %s.nc -ref %s.restrt\n' $cur $cur $prev $cur $cur $prev
  prev=$cur
done
for i in $(seq 5); do
  cur=equil5_$i
  printf 'pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o %s.out -p ./protein.parm7 -c %s.restrt -r %s.restrt -x equil5.nc -ref %s.restrt\n' $cur $prev $cur $prev
  prev=$cur
done

这将产生：

pmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref minim.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt

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下面是一个shell脚本，它可以生成文章中的大部分行：

prev=minim
for i in '' $(seq 2 4); do
  cur=equil$i
  printf 'pmemd.cuda -O -i ../in/%s.in -o %s.out -p ./protein.parm7 -c %s.restrt -r %s.restrt -x %s.nc -ref %s.restrt\n' $cur $cur $prev $cur $cur $prev
  prev=$cur
done
for i in $(seq 5); do
  cur=equil5_$i
  printf 'pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o %s.out -p ./protein.parm7 -c %s.restrt -r %s.restrt -x equil5.nc -ref %s.restrt\n' $cur $prev $cur $prev
  prev=$cur
done

这将产生：

pmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref minim.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt
pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt

---

我可能误解了你的问题，但似乎你对这么大的

printf

行感到不舒服。那么，为什么不把它分开呢。您可以使用

>

附加到文件。这样，

input.sh

中的每一行都是一个单独的

printf

行：

printf "#setenv CUDA_VISIBLE_DEVICES \"1\"\n" > input.sh
printf "mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i ../in/minim.in -o minim.out -p ./protein.parm7 -c  ./protein.inpcrd -r minim.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c  ./minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref ./minim.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c  equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c  equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c  equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c  equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt\n >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/md.in -o md_${P}_${com_n}.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_5.restrt -r md.restrt -x md.nc\n" >> ./input.sh

由于

printf

不会自动在末尾包含NL，因此您甚至可以将单个

input.sh

行分开，以提高可读性：

printf " pmemd.cuda -O"         >> input.sh
printf " -i ../in/equil.in"     >> input.sh
printf " -o equil.out"          >> input.sh
printf " -p ./protein.parm7"    >> input.sh
printf " -c ./minim.restrt"     >> input.sh 
printf " -r equil.restrt"       >> input.sh
printf " -x equil.nc"           >> input.sh
printf " -ref ./minim.restrt"   >> input.sh
printf "\n"                     >> input.sh

现在，如果发生了更改，您可以快速找到参数并对其进行修改

您还可以将其与的建议结合使用

for

循环来增加您的值：

for cur in '' $(seq 2 4)
do
    printf ' pmemd.cuda -O '                >> input.sh
    printf ' -i ../in/equil%s.in '    $cur  >> input.sh
    printf ' -o equil%s.out'          $cur  >> input.sh
    printf ' -p ./protein.parm7"            >> input.sh
    printf ' -c equil%s.restrt'       $prev >> input.sh
    prinff ' -r equil%s.restrt'       $cur  >> input.sh
    printf ' -x equil%s.nc'           $cur  >> input.sh
    printf ' -ref equil%s.restrt\n'   $prev >> input.sh
    prev=$cur
done

请注意，每行上的间距如何使命令更易于阅读和理解

最后，如果您不介意写出整个文件，可以使用here文档

---

我可能误解了你的问题，但似乎你对这么大的
printf
行感到不舒服。那么，为什么不把它分开呢。您可以使用
>
附加到文件。这样，
input.sh
中的每一行都是一个单独的
printf
行：

printf "#setenv CUDA_VISIBLE_DEVICES \"1\"\n" > input.sh
printf "mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i ../in/minim.in -o minim.out -p ./protein.parm7 -c  ./protein.inpcrd -r minim.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil.in -o equil.out -p ./protein.parm7 -c  ./minim.restrt -r equil.restrt -x equil.nc -ref ./minim.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil2.in -o equil2.out -p ./protein.parm7 -c  equil.restrt -r equil2.restrt -x equil2.nc -ref equil.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil3.in -o equil3.out -p ./protein.parm7 -c  equil2.restrt -r equil3.restrt -x equil3.nc -ref equil2.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil4.in -o equil4.out -p ./protein.parm7 -c  equil3.restrt -r equil4.restrt -x equil4.nc -ref equil3.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_1.out -p ./protein.parm7 -c  equil4.restrt -r equil5_1.restrt -x equil5.nc -ref equil4.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_2.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_1.restrt -r equil5_2.restrt -x equil5.nc -ref equil5_1.restrt\n >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_3.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_2.restrt -r equil5_3.restrt -x equil5.nc -ref equil5_2.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_4.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_3.restrt -r equil5_4.restrt -x equil5.nc -ref equil5_3.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/equil5.in -o equil5_5.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_4.restrt -r equil5_5.restrt -x equil5.nc -ref equil5_4.restrt\n" >> input.sh
printf "pmemd.cuda -O -i ../in/md.in -o md_${P}_${com_n}.out -p ./protein.parm7 -c  equil5_5.restrt -r md.restrt -x md.nc\n" >> ./input.sh

由于
printf
不会自动在末尾包含NL，因此您甚至可以将单个
input.sh
行分开，以提高可读性：

printf " pmemd.cuda -O"         >> input.sh
printf " -i ../in/equil.in"     >> input.sh
printf " -o equil.out"          >> input.sh
printf " -p ./protein.parm7"    >> input.sh
printf " -c ./minim.restrt"     >> input.sh 
printf " -r equil.restrt"       >> input.sh
printf " -x equil.nc"           >> input.sh
printf " -ref ./minim.restrt"   >> input.sh
printf "\n"                     >> input.sh

现在，如果发生了更改，您可以快速找到参数并对其进行修改

您还可以将其与的建议结合使用
for
循环来增加您的值：

for cur in '' $(seq 2 4)
do
    printf ' pmemd.cuda -O '                >> input.sh
    printf ' -i ../in/equil%s.in '    $cur  >> input.sh
    printf ' -o equil%s.out'          $cur  >> input.sh
    printf ' -p ./protein.parm7"            >> input.sh
    printf ' -c equil%s.restrt'       $prev >> input.sh
    prinff ' -r equil%s.restrt'       $cur  >> input.sh
    printf ' -x equil%s.nc'           $cur  >> input.sh
    printf ' -ref equil%s.restrt\n'   $prev >> input.sh
    prev=$cur
done

请注意，每行上的间距如何使命令更易于阅读和理解

最后，如果您不介意写出整个文件，可以使用here文档

您自己是否尝试过使用一个
循环（或两个）？如果是，您遇到了什么问题？您了解如何使用字符串中变量的值吗？您自己是否尝试过使用
循环（或两个循环）？如果是，您遇到了什么问题？您了解如何使用字符串中变量的值吗？