Bash 在循环中运行时，多个shuffle命令产生相同的顺序

我正试图使用biosquid中的命令shuffle来洗牌一些fasta文件。我为循环编写了一个简单的

，

，因为我想创建几个随机序列。这是密码

for i in {1..15}; do eval "shuffle -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand"; done

我也试过

for i in {1..15}; do `shuffle -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand`; done

但我的15个随机fasta文件有些完全相同。但是，当我在控制台中运行该命令15次时，每次的输出都是完全不同的（这是我所期望的）。我知道这是一个愚蠢的问题，但我对bash脚本还不熟悉

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谢谢

如果每秒运行一次以上的

shuffle

，则需要使用

--seed

选项提供随机数种子

默认情况下，

shuffle

使用

时间（0）

对随机数生成器进行种子设定（注意1），这意味着如果您在同一秒内运行它两次，它将使用相同的种子，您将获得相同的输出

一个简单的解决方案是使用bash的

$RANDOM

变量，它将在每次调用时生成一个新值。不幸的是，这些值的范围很小，因此您可能希望使用以下值：

shuffle --seed=$((RANDOM*32768 + RANDOM)) -w 10 ...

此外，也不需要评估或回退。这样做就足够了：

for i in {1..15}; do
  shuffle --seed=$((RANDOM*32768 + RANDOM)) -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand
done

笔记：

如果您正在阅读此答案，并且负责一个需要随机数的命令行工具，这正是您不应该复制和粘贴经典的

srand（time（NULL））

行的原因。使用真正的随机种子，例如从

/dev/random

读取几个字节

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您的for循环是正确的，应该给出您期望的结果IMHO。您可以使用

--seed

选项使

洗牌

在每次迭代中使用不同的种子。您不需要

eval

也不需要反引号：

for i in {1..15}; do shuffle -w 10 --seed ${i} rs11979110.fasta > ${i}_rs11979110.rand; done

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我不知道shuffle是如何生成种子的，但在for循环的执行过程中它保持不变。

这个命令生成相同的输出，15个文件具有相同的fasta文件

eval

和反引号不属于那里。另外，您使用的是什么操作系统？