Bash 将.gprobs文件从Impute2转换为PLINK格式

我有一些插补的.gprobs文件（每个染色体一个），由从dbGaP下载的插补2插补，我需要将该文件转换为PLINK的.bed格式，以便进行一些分析

我的.gprobs文件如下所示：

--- rs371609562:61395:CTT:C 61395 CTT C 0 0.023 0.977 0 0.039 0.961 0 0.015 0.985 0 0.026 0.974 0 0 1 0 0 1 0 0 1

有人能帮我找出如何将这种文件转换成PLINK格式吗？或者指导我执行转换需要哪些文件

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p.D.：我知道这个问题可能不应该在这里，但我不知道还有其他地方可以问这个问题。

由

.gprobs

看来你的意思是牛津格式，请参见：

如果这是正确的，则plink可以按如下所述的格式读取：

在同一命令中，您可以输出为PLINK二进制格式：

plink --gen file.gen --sample file.sample --make-bed --out output_prefix

请注意以下关于将牛津转换为普林克的注意事项：

因为PLINK 1二进制格式不能表示基因型 概率，不确定性大于0.1的呼叫通常为 被视为失踪，其余被视为硬电话。你可以 通过向提供数字参数来调整此阈值 --硬呼叫阈值

或者，当--hard call threshold被赋予“random”时 修饰符，调用根据 文件中的概率。（这并不理想；最好是 以单倍体敏感的方式随机化。但是对一堆 与此相关的时间，并生成一些数据的经验分布 统计数据仍然比应用单个 阈值并计算该统计信息一次。）

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来源：

我在下面回复了。但是你可以在www.biostars.org上获得更多的回复。我尝试了以下代码：

plink--gen file\u chr10.gprobs.gz--sample file.sample--oxford single chr 10--make bed--out output

它开始转换变体，但随后它给出了一个错误：

错误：文件读取失败。

我不知道它为什么会给出这个错误。我想这可能是因为我没有提取sample.gz文件，因为它给了我一个错误，相反我提取了

less file.sample.gz>file.sample

关于如何正确提取file.sample.gz的任何线索？您可能需要提取

.gprobs

文件

gunzip-c文件\u chr10.gprobs.gz>文件\u chr10.gen

。