迭代文件名并根据模式合并，BASH

我有100个文件成对使用相似的名称模式：这意味着，它们的文件名是“A0-B1.fastq.0.1.82.fastq”和“A0-B2.fastq.0.1.82.fastq”，其中B0和B1表示两个不同的对。文件名中的“82”代表随机数。该目录包含随机数范围为82到100的文件。因此，对于每个随机数，有两对文件（A0-B1和A0-B2）。 我想为每个随机数合并两对

以下是我尝试过的：

INPUT=`ls A0-*.0.1.*.fastq`

#set values for pair and random
p=`seq 1 1 2`
r=`seq 82 2 100`

for r in $INPUT;
do
cat A0-${p}.fastq.0.1.${r}.fastq > A0.merged.${r}.fastq
done

---

要获得正确的输出，我缺少什么？？？

您可以使用此脚本-

for i in {82..100..2}
do
    if ls A0-*.fastq.0.1.${i}.fastq 1> /dev/null 2>&1; then
        cat A0-*.fastq.0.1.${i}.fastq > A0.merged.${i}.fastq
    fi
done

---

这应该适合您：

for r in {82..100}; do
  if [[ -f A0-B1.fastq.0.1.${r}.fastq ]] && [[ -f A0-B2.fastq.0.1.${r}.fastq ]]; then
    cat A0-B1.fastq.O.1.${r}.fastq A0-B2.fastq.O.1.${r}.fastq > A0.merged.${r}.fastq
  fi
done

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@除非有一个glob，在这种情况下，

test-f

如果扩展多个路径名，可能会失败。尝试

测试-f*

确定。。。实际上，看看OP的脚本，我认为OP有固定的文件名，$p取1和2。因此，不需要glob。但您是对的，

-f

如果用于glob，将失败。