如何使用bash或python有选择地删除列和行
更新 我怀疑我最初输入的输入和期望的输出数据与我在空白方面的输入和期望的输出数据不完全相同。我现在已经输入了新的输入数据和期望的输出数据 我目前有一个如下所示的数据集：如何使用bash或python有选择地删除列和行,bash,shell,awk,Bash,Shell,Awk,更新 我怀疑我最初输入的输入和期望的输出数据与我在空白方面的输入和期望的输出数据不完全相同。我现在已经输入了新的输入数据和期望的输出数据 我目前有一个如下所示的数据集： cut -d '\t' -f 1,3,4,5,2,6 输入 【代码>代码>杂交参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考参考（TCGA）的“13-13-5-5-5-5-5-5
cut -d '\t' -f 1,3,4,5,2,6
Gene\u SymbolchromoGenomic\u CoordinateBeta_值hybrization REF Gene_Symbol染色体基因组坐标TCGA-13-A5FT-01A-11D-A409-05 TCGA-13-A5FU-01A-11D-A409-05 TCGA-29-A5NZ-01A-11D-A409-05 TCGA-3P-A9WA-01A-11D-A409-05 TCGA-59-A5PD-01A-11A-11D-A409-05 TCGA-5X-AA5U-01A-11D-A409-05 TCGA-OY-A56P-01A-01A-12D-05TCGA-VG-A8LO-01A-11D-A409-05 TCGA-WR-A838-01A-12D-A409-05
cg00000029 RBL2 16 53468112 0.162232897 0.191627668 0.071218197 0.079761793 0.134907151 0.054141599 0.08985793 0.037865566 0.068154246 0.101053013
CG0000108 C3orf35 3 37459206不适用
CG0000109 FNDC3B 3 171916037不适用
TCGA…%s\t+ NR == 1 '{' ../../../methods/meth_ma_gene/awk_methreformat.sh: line 3: NR: command not found ../../../methods/meth_ma_gene/awk_methreformat.sh: line 5: syntax error near unexpected token `(' ../../../methods/meth_ma_gene/awk_methreformat.sh: line 5: ` for (i=1; i <= NF; i++) {'
#!/usr/bin/awk -f
NR == 1 {
# collect sample names
for (i=1; i <= NF; i++) {
sample[i] = $i
}
}
NR == 2 {
# first four columns are always the same
cols[1] = 1
cols[2] = 3
cols[3] = 4
cols[4] = 5
printf "%s\t%s\t%s\t%s\t", sample[1], $3, $4, $5
# dynamic columns (in practice: 2,6,10,...)
for (i=1; i <= NF; i++) {
if ($i == "Beta_value") {
cols[length(cols)+1] = i
printf "%s\t", sample[i]
}
}
printf "\n"
}
NR >= 3 {
# print cols from data row
for (i=1; i <= length(cols); i++) {
printf "%s\t", $cols[i]
}
printf "\n"
}
#/usr/bin/awk-f
NR==1{
#收集样本名称
对于（i=1；i您并不真的想将输入数据加载到内存中，因为它太大了。相反，流式处理方法会更快，对于这种awk
非常适合：
#!/usr/bin/awk -f
BEGIN {
FS = "\t";
OFS = FS;
}
NR == 1 {
# collect sample names
for (i=1; i <= NF; i++) {
sample[i] = $i
}
}
NR == 2 {
# first four columns are always the same
cols[1] = 1
cols[2] = 3
cols[3] = 4
cols[4] = 5
printf "%s %s %s %s ", sample[1], $3, $4, $5
# dynamic columns (in practice: 2,6,10,...)
for (i=1; i <= NF; i++) {
if ($i == "Beta_value") {
cols[length(cols)+1] = i
printf "%s ", sample[i]
}
}
printf "\n"
}
NR >= 3 {
# print cols from data row
for (i=1; i <= length(cols); i++) {
printf "%s ", $cols[i]
}
printf "\n"
}
既然您在问题中包含了python，那么您是否尝试过使用Pandas？不，应该吗？我刚才查阅了它，似乎Pandas提供了数据分析功能而不是数据格式。它通常对大型矩阵操作有用
cut -d '\t' -f 1,3,4,5,2,6