Bash 我的awk脚本未使用所有输入行

仅供参考：$NEWFILE是NEWFILE.vcf

awk 'BEGIN {FS="[\t]+"}; NR <= 2 || $6 >= 100 {print $0 > "newfile.vcf"}'
$NEWFILE

所需输出：

                                                     NAME1    NAME2    NAME3
#CHROM   POS    ID    ALT    REF   QUAL   FILTER    953_102   953_103    953_104
Chr1    1058     .     TAA    TAAA    999   StandBias
Chr1    1071     .     TAA    TAAA    118   StandBias
Chr1    1089     .     TAA    TAAA    999   StandBias

电流输出：

                                                     NAME1    NAME2    NAME3
#CHROM   POS    ID    ALT    REF   QUAL   FILTER    953_102   953_103    953_104
Chr1    1058     .     TAA    TAAA    999   StandBias

程序（虽然在awk之前的内容与问题无关。在awk之前的一切都按预期工作。）

#/bin/bash
#删除数据文件顶部的额外内容。
NEWFILE=NEWFILE.vcf
LINESINLEGEND=`wc legend.txt | awk{'print$1'}`
LINESINLEGEND=$（（LINESINLEGEND-1））
NEWLEGEND=`tail-n$LINESINLEGEND$2`
如果[$#-eq 0]
然后
echo“用法：filename.vcf legend.txt”
fi
如果[$#-eq 2]
然后
printf“$NEWLEGEND”>temp
CUTME=`cut-F5温度| cut-d”“-F4温度| tr-s'\n'\t'`
室温
printf”“>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“\t”>>$NEWFILE
printf“$CUTME\n”>>$NEWFILE
grep-v“^\\\\\\\\”$1>>$NEWFILE
awk'NR==1 | |$6>=100'newfile.vcf>newfile.vcf
#建议的代码不会在newfile.vcf中显示任何内容
fi

此命令应执行以下操作：

awk 'NR==1 || $6 >= 100' input.file > newfile.vcf

NR==1

匹配输入的第一行

$6>=100

匹配

QUAL

大于或等于

100

的行。awk中的默认操作是将整个输入打印到输出。这就是为什么可以省略

{print$0}

---

您不需要指定

选项卡

作为分隔符，因为它是默认分隔符之一。

我认为这应该可以做到：

 awk -F"\t" '{if ( $6 > 100 || NR<=2) print $0}' input.vcf > newfile.vcf

---

awk-F“\t”{if（$6>100 | | | NR我想知道这个命令是如何工作的！请从您的输入和预期的输出中发布一些示例行。使用awk'NR==1 | | |$6>=100'newfile.vcf>newfile.vcf添加的输入和输出现在什么也不打印。您好，谢谢您的建议，但是我的程序在使用该命令后挂起。您的代码工作了，我刚刚创建了一个临时文件使用它作为输入。谢谢。对不起，我手工重写了命令，在我的机器上是$6。我尝试了你的代码，我的newfile.vcf是空的。但也许你说的不是所有的行都是制表符分隔的，很难说有这么多数据。在命令行上尝试
awk-F“\t”'$6！=“| nR你不需要通过
-F”\t”
。它是由default@anton5999您正在告诉
您的程序挂起了
。请显示您的程序。嗨，JNevill，这两个命令是不同的。第一个命令的结果是85，第二个命令的结果是147。另外hek2gml我现在就发布程序，只需要解释一下它的作用。
awk 'NR==1 || $6 >= 100' input.file > newfile.vcf

 awk -F"\t" '{if ( $6 > 100 || NR<=2) print $0}' input.vcf > newfile.vcf