Bash Snakemake将conda激活命令更改为'；康达激活'；

我想在我的托管环境中将snakemake与fish shell和conda环境一起使用（基本上我没有根权限，默认的shell不能更改）

我在

.bashrc

中使用此技巧将fish设置为“默认”shell：

if[“$REALBASH”！=“1”]；然后
中的大小写“$-”
*i*）
导出SHELL=/usr/bin/fish
tty>/dev/null&&echo“您的~/.bashrc正在将交互式SHELL切换为$SHELL”
[-x$SHELL]&&exec$SHELL“$@”
echo“显然$SHELL在此不可用。继续使用bash。”
导出SHELL=/bin/bash
;;
以撒
fi

还有一个命令

realbash

，用于设置环境变量

realbash=1

，以绕过此攻击

我设法让conda使用fish来处理fish，但它的缺点是，在fish中，激活conda环境的命令与bash不同。在bash中，命令是

source activate…

，在fish中是

conda activate…

激活环境既可以从bash使用

source activate…

激活环境，也可以从fish使用

conda activate…

激活环境

当我现在执行snakemake from fish时，我得到以下错误：

正在激活conda环境。。。
来源：寻源文件“激活”时遇到错误：
来源：没有这样的文件或目录

如果我从bash执行snakemake，同样的错误也会发生

如果我通过

snakemake--overwrite shellcmd realbash

从bash执行snakemake，我会得到相同的错误，并最终进入snakemake打开的bash shell。只有在键入exit之后，snakemake才会完成（当然，没有成功）。 如果我通过

snakemake--overwrite shellcmd realbash

从fish执行snakemake，同样的行为也会发生

我被

--overwrite shellcmd

的行为弄糊涂了，有没有办法让我的hack工作？ 否则，我是否可以将snakemake配置为调用

conda activate

，而不是

source activate

？

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或者有其他解决方案吗？

显然，这是旧版本的

snakemake

中的一个bug。问题中描述的效果是通过

snakemake 4.3.1

产生的

在安装了

snakemake 5.17.0

的

conda

环境中运行

snakemake

，与问题中所述的设置完美配合。无

--覆盖shellcmd

，或需要进行其他更改