Bash 在具有多个输入的shell脚本文件夹中的文件上循环

为命令行工具指定多个输入？

我是bash新手，希望在包含大量文件的文件夹上循环一个命令行程序

脚本接受两个输入文件（在我的例子中，它们在文件名的一个字段（“…R1”与“…R2”）中不同）。运行该工具的单个实例如下所示：

tool_name infile1 infile2 -o outfile_suffix

实例：

casper sample_name_R1_001.out.fastq sample_name_R2_001.out.fastq -o sample_name_merged

文件名格式：

DCP-137-5102-T1A3\U S33\U L001\U R1\U 001。fastq
DCP-137-5102-T1A3\U S33\U L001\U R2\U 001.fastq

粗体字段在不同的对（例如，2000、2110、5100等）之间会有所不同，每对以R1或R2区分

我想知道如何在包含多对匹配文件的文件夹上循环脚本，并确保输出（-o）具有“sample_name”后缀

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我熟悉中文件的基本

。/*.*；do…$file…；done

，但这显然不适用于此示例。任何建议都将不胜感激！

您希望循环使用

R1

，并从中导出

R2

和合并文件名，例如：

for file1 in ./*R1*; do
    file2=${file1/R1/R2}
    merge=${file1#*R1}_merged
    casper ${file1} ${file2} -o ${merge}
done

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注意：Markdown将

#*R1}\u合并后作为一条注释显示出来--不是
每对文件都包含R1和R2吗？你能给出一些文件名对的例子吗？是的，这对文件中的一个成员将有R1，另一个将有R2。我用更详细的描述更新了这篇文章。谢谢！这是一个很大的帮助。旁注：${file1}*R1}\u merge“从文件路径（包括示例名称）中删除“R1”前面的字符，而不是尾部字符。但是使用“${file1/R1*/}merged”解决了这个问题。@ColinAnthony没有问题。是的，这应该是
${file1%R1*}合并的
，但很高兴您解决了这个问题。