Bash 为什么不是'；这段代码不能获取文件名吗？

在包含许多文件的文件夹中，如下所示：

filtered_bcbc8273.bam
filtered_a8626340.bam
filtered_fae86ca5.bam

我想使用samtools（最后添加了.bam）对它们进行排序，并将排序后的文件保存为：

sorted_bcbc8273.bam
sorted_a8626340.bam
sorted_fae86ca5.bam

但我的输出是：

sorted_.bam

这里怎么了

cd /work/folder/
for l in *; do
name=$(echo "$l" | cut -d "_" -f 2 | cut -d "." -f 1)
samtools sort -n /work/folder/filtered_$name\.bam /work/folder/sorted/sorted_$name\
cd ..
done

---

为了使其行为更加可靠，我建议将其改写如下：

cd /work/folder
for f in filtered_*.bam; do
  [[ -e $f ]] || continue  # skip any file that doesn't exist (ie. glob failed)
  id=${f#filtered_}                  # strip prefix from filename
  id=${id%.bam}                      # strip suffix from filename
  samtools sort -n "$f" "sorted_$id" # run tool
done

优点：

• 使用更具体的glob表达式（

  filtered.*.bam

  ）可以确保名称满足我们的期望，因此不会因为迭代与预期模式不匹配的文件而失败
• 使用参数扩展来修剪已知的前缀和后缀，可以防止

  cut

  操作删除除这些已知前缀或后缀以外的任何内容，从而使操作更加可靠
• 使用shell的内置字符串操作比分叉子shell来启动外部工具更快（在内部循环中这样做时；外部工具在整个输入流中只运行一次时效率更高）

最后，在循环中使用

cd..

可以确保在工作目录到达根目录之前，每个循环迭代都将在不同的目录中运行

---

有关bash的字符串操作原语的更多详细信息，或有关所用原语和其他类似原语的重点说明，请参见。

为了使其行为更可靠，我建议将其改写如下：

cd /work/folder
for f in filtered_*.bam; do
  [[ -e $f ]] || continue  # skip any file that doesn't exist (ie. glob failed)
  id=${f#filtered_}                  # strip prefix from filename
  id=${id%.bam}                      # strip suffix from filename
  samtools sort -n "$f" "sorted_$id" # run tool
done

优点：

• 使用更具体的glob表达式（

  filtered.*.bam

  ）可以确保名称满足我们的期望，因此不会因为迭代与预期模式不匹配的文件而失败
• 使用参数扩展来修剪已知的前缀和后缀，可以防止

  cut

  操作删除除这些已知前缀或后缀以外的任何内容，从而使操作更加可靠
• 使用shell的内置字符串操作比分叉子shell来启动外部工具更快（在内部循环中这样做时；外部工具在整个输入流中只运行一次时效率更高）

最后，在循环中使用

cd..

可以确保在工作目录到达根目录之前，每个循环迭代都将在不同的目录中运行

---

有关bash的字符串操作原语的更多详细信息，或有关所使用的原语和其他类似原语的重点说明，请参见。

如果在循环中放入

cd..

，则除了第一项之外，您肯定会将每一项都放在错误的目录中。@CharlesDuffy:没错，但是循环中的任何内容实际上都不取决于是否在正确的目录中。@ruakh，如果不知道

samtools

及其语义，我就不能说这是否正确。（处理一个文件可以包括其他文件吗？searth路径是什么样子的？等等）。如果在循环中放入

cd..

，那么除了第一个项目之外，您肯定每个项目都位于错误的目录中。@CharlesDuffy:没错，但循环中的任何内容实际上都不取决于是否位于正确的目录中。@ruakh，如果不知道

samtools

及其语义，我就无法判断这是否正确。（处理文件是否可以包括其他文件？searth路径是什么样子的？等等）。