C：如何为输出创建可变数量的文件流？

我是来自Python/Perl背景的C新手

我正在编写一个C程序，它将创建多个输出，输出的数量由输入描述文件确定（基本上，描述文件中的行数就是输出的数量），并且描述文件中的一个ID列将用作输出名称

我目前拥有的是，我将描述文件中的ID列读入一个数组，并使用ID的数量尝试打开相同数量的文件流

我很难让它工作。我现在有类似的东西，它在汇编时抱怨，在第82行和第84行有这样的信息：

错误：可变大小的对象可能未初始化

守则的一部分：

 3 #include <stdio.h>
 4 #include <time.h>
 5 #include <zlib.h>
 6 #include <string.h>
 ....
 50 gzFile fi2,fi1,fr1;
 51
 52 fi2 = strcmp(argv[1],"-")? gzopen(argv[1],"r"):gzdopen(fileno(stdin),"r");
 53 fi1 = strcmp(argv[2],"-")? gzopen(argv[2],"r"):gzdopen(fileno(stdin),"r");
 54 FILE *samplelist = fopen(argv[5],"r");
 55 fr1 = strcmp(argv[6],"-")? gzopen(argv[6],"r"):gzdopen(fileno(stdin),"r");
 56 if (fi2 ==0 || fi1 ==0 || samplelist == 0 || fr1 == 0 ) {
 57     fprintf(stderr,"[E:%s] failed to open the input file/stream.\n",__func__);
 58     return 1;
 59 }
 60
 61 char line[100];
 62 char indexseq[10];
 63 char sampleid[5];
 64 char genome[15];
 65 char seqmode[3];
 66 char indexes[10][BUFSIZ];
 67 int lidx = 0;
 68 while (fgets(line, sizeof(line),samplelist)) {
 69      //printf("%s",line);
 70      sscanf(line,"%s\t%s\t%s\t%s\n",indexseq,sampleid,genome,seqmode);
 71      //printf("%s\n",indexseq);
 72      //printf("%s\n",sampleid);
 73      strcpy(indexes[lidx],sampleid);
 74      ++lidx;
 75      strcpy(indexes[lidx],indexseq);
 76      ++lidx;
 77 }
 78 char buf[30] = "";
 79 int i;
 80 for (i = 0; i <lidx; i+=2) {
 81     snprintf(buf, sizeof buf, "%s%s%s%s", argv[3],"_I1_",indexes[i],".fastq");
 82     fo_i1[i] = fopen(buf,"w");
 83     snprintf(buf, sizeof buf, "%s%s%s%s", argv[3],"_R1_",indexes[i],".fastq");
 84     fo_r1[i] = fopen(buf,"w");                    
 85 }

3#包括
4#包括
5#包括
6#包括
....
50 GZ文件fi2、fi1、fr1；
51
52 fi2=strcmp（argv[1]，“-”？gzopen（argv[1]，“r”）：gzdopen（fileno（stdin），“r”）；
53 fi1=strcmp（argv[2]，“-”？gzopen（argv[2]，“r”）：gzdopen（fileno（stdin），“r”）；
54文件*samplelist=fopen（argv[5]，“r”）；
55 fr1=strcmp（argv[6]，“-”？gzopen（argv[6]，“r”）：gzdopen（fileno（stdin），“r”）；
56如果（fi2==0 | | fi1==0 | |样本列表==0 | | fr1==0）{
57 fprintf（stderr，“[E:%s]无法打开输入文件/流。\n”，\uuu func\uuu）；
58返回1；
59 }
60
61个字符行[100]；
62个字符索引[10]；
63个字符样本[5]；
64个字符的基因组[15]；
65字符序列模式[3]；
66个字符索引[10][BUFSIZ]；
67 int lidx=0；
68 while（fgets（line，sizeof（line），samplelist））{
69//printf（“%s”，行）；
70 sscanf（行，“%s\t%s\t%s\t%s\n”，indexseq，样本ID，基因组，seqmode）；
71//printf（“%s\n”，indexseq）；
72//printf（“%s\n”，样本ID）；
73 strcpy（索引[lidx]，样本ID）；
74++lidx；
75 strcpy（指数[lidx]，指数seq）；
76++lidx；
77 }
78个字符buf[30]=“”；
79 int i；
80对于（i=0；i将
fou i1
和
fou r1
在循环外声明为：
FILE*fou i1[lidx]；FILE*fou r1[lidx]；
并在循环内使用它，而不使用
FILE*
部分

FILE *fo_i1[lidx];
FILE *fo_r1[lidx];
for (i = 0; i < lidx; i+=2) {
    fo_i1[i] = fopen(concat(concat(concat(argv[3],"_I1_"),indexes[lidx]),"_fastq"),"w");
    fo_r1[i] = fopen(concat(concat(concat(argv[3],"_R1_"),indexes[lidx]),"_fastq"),"w");
}

文件*fo_i1[lidx]；
文件*fo_r1[lidx]；
对于（i=0；i

但是请注意，您的
i++=2
逻辑看起来是错误的。有两个独立的数组。因此，您可能真的希望它是
i++

另一个问题是
indexes[lidx]
。因为
lidx
具有
indexes
数组中条目数的值。这意味着
lidx
是数组的无效索引-最后一个有效索引是
lidx-1

可能还有其他问题。
在循环外声明
fo_i1
和
fo_r1
为：
文件*fo_i1[lidx]；文件*fou r1[lidx]；
并在循环内使用它，而不使用
文件*
部分

FILE *fo_i1[lidx];
FILE *fo_r1[lidx];
for (i = 0; i < lidx; i+=2) {
    fo_i1[i] = fopen(concat(concat(concat(argv[3],"_I1_"),indexes[lidx]),"_fastq"),"w");
    fo_r1[i] = fopen(concat(concat(concat(argv[3],"_R1_"),indexes[lidx]),"_fastq"),"w");
}

文件*fo_i1[lidx]；
文件*fo_r1[lidx]；
对于（i=0；i

但是请注意，您的
i++=2
逻辑看起来是错误的。有两个独立的数组。因此，您可能真的希望它是
i++

另一个问题是
indexes[lidx]
。因为
lidx
具有
indexes
数组中条目数的值。这意味着
lidx
是数组的无效索引-最后一个有效索引是
lidx-1

可能还有其他问题。
感谢您的快速反馈！它成功了！i+=2是正确的，因为我正在从数组中的一行读取两列，每个ID只需获取一次，因此基本上我需要跳过另一列column@olala不，看起来还是不对。这意味着你会有“洞”在
fou
数组中。例如，
fou i1[1]
和
fou r[1]
不会被设置。这真的是你想要的吗？我明白你的意思，也许我应该使用
lidx/2
作为
fo
数组的大小？@wildplasser我从这里得到了答案：，你知道更好的方法吗？我可以在Python中使用“+”来连接字符串，我想知道如何在CIt中实现这一点很糟糕。（它甚至会泄漏内存）只需使用
snprintf（）
更干净、可读性更强。感谢您的快速反馈！它起作用了！i+=2是正确的，因为我正在从数组的一行读取两列，并且只需要获取每个ID一次，所以基本上我需要跳过另一列column@olala不，看起来还是不对。这意味着你会你的
fou
数组中的“洞”。例如，
fou i1[1]
和
fou r[1]
不会被设置。这真的是你想要的吗？我明白你的意思，也许我应该使用
lidx/2
作为
fo
数组的大小？@wildplasser我从这里得到了答案：，你知道更好的方法吗？我可以在Python中使用“+”来连接字符串，我想知道如何在CIt中实现这一点很糟糕。（它甚至会泄漏内存）只需使用
snprintf（）
更干净、可读性更强。请让我知道为什么会有否决票……请让我知道为什么会有否决票。。。