Cluster computing 如何在snakemake中并行执行命令列表
我有一个snakemake规则，它创建一个文本文件，并将许多shell命令作为其输出。我想设计第二条规则，将文件作为输入，并行运行文件中指定的所有命令——利用多个线程/核心，或者将命令提交到集群（如果指定了--cluster）。这可能吗？您可以编写python代码，或者使用snakemake中的“run:”块，或者使用外部python脚本编写“script:”，该脚本使用子流程模块在单独的流程中运行文件中的每个命令。我不认为有一种方法可以更直接地在Snakemake中实现Cluster computing 如何在snakemake中并行执行命令列表,cluster-computing,snakemake,Cluster Computing,Snakemake,我有一个snakemake规则，它创建一个文本文件，并将许多shell命令作为其输出。我想设计第二条规则，将文件作为输入，并行运行文件中指定的所有命令——利用多个线程/核心，或者将命令提交到集群（如果指定了--cluster）。这可能吗？您可以编写python代码，或者使用snakemake中的“run:”块，或者使用外部python脚本编写“script:”，该脚本使用子流程模块在单独的流程中运行文件中的每个命令。我不认为有一种方法可以更直接地在Snakemake中实现