Cluster computing 我应该使用vegdist还是dist进行hclust？
我正在尝试使用二进制数据进行分层聚类分析，对于距离矩阵，我应用了来自vegan软件包的函数Cluster computing 我应该使用vegdist还是dist进行hclust？,cluster-computing,hierarchical-clustering,vegan,hclust,vegdist,Cluster Computing,Hierarchical Clustering,Vegan,Hclust,Vegdist,我正在尝试使用二进制数据进行分层聚类分析，对于距离矩阵，我应用了来自vegan软件包的函数vegdist（）： dist.jac <- vegdist(final_df, method="jaccard", binary = TRUE) 或者尝试类似的事情（如我所见）： jac如果有人在做dist（dist.jac）他们得到的是不同数据的不同，而不是数据的不同。这很少有意义 正如素食者文档所说，vegdist是dist的替代品。你用哪一个并不重要。如果差异仅在一个备选
vegdist（）dist.jac <- vegdist(final_df, method="jaccard", binary = TRUE)
jac如果有人在做dist（dist.jac）
他们得到的是不同数据的不同，而不是数据的不同。这很少有意义
正如素食者文档所说，vegdist
是dist
的替代品。你用哪一个并不重要。如果差异仅在一个备选方案中可用，则使用该选项。如果两者都可用，请使用其中一种。在这种情况下，我个人更喜欢dist
，因为它不需要调用任何贡献的包
jac <- hclust(dist.jac, method = "ward.D")
jac <- hclust(dist(dist.jac), method = "ward.D")